使用 python 子进程将文件从 .sam 转换为 .bam

Question

我想首先说非常感谢任何帮助。我是 Python 和一般脚本的新手。我正在尝试使用一个名为 samtools view 的程序将文件从 .sam 转换为 .bam 我需要能够执行此 BASH 命令在 Python 中执行的操作：

samtools view -bS aln.sam > aln.bam   

我知道 BASH 命令像 | >

cmd = subprocess.call(["samtools view","-bS"], stdin=open(aln.sam,'r'), stdout=open(aln.bam,'w'), shell=True)

和

from subprocess import Popen

with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".sam",'wb',0) as input_file:
    with open(SAMPLE+ "."+ TARGET+ ".bam",'wb',0) as output_file: 
        cmd = Popen([Dir+ "samtools-1.1/samtools view",'-bS'],
            stdin=(input_file), stdout=(output_file), shell=True) 

在 Python 中，我仍然没有让 samtools 将 .sam 转换为 .bam 文件。我究竟做错了什么？

Answer 1

Abukamel 是对的，但如果您（或其他人）想知道您的具体示例......

您的第一次尝试并不算太远，只是一些小项目：

1. 文件名应该用引号引起来
2. samtools 从命名输入文件中读取，而不是从标准输入中读取
3. 您不需要“shell=True”，因为您没有使用重定向等 shell 技巧

所以你可以这样做：

import subprocess
subprocess.call(["samtools", "view", "-bS", "aln.sam"],
                stdout=open('aln.bam','w'))

您的第二个示例或多或少存在相同的问题，因此需要更改为：

from subprocess import Popen
with open('aln.bam', 'wb',0) as output_file: 
    cmd = Popen(["samtools", "view",'-bS','aln.sam'],
                stdout=(output_file))

Answer 2

您可以通过 kwarg 'shell=True' 将执行传递给 shell

subprocess.call('samtools view -bS aln.sam > aln.bam', shell=True)