如何仅提取映射读取？

【问题标题】：how to extract only mapped reads?如何仅提取映射读取？
【发布时间】：2021-07-06 19:18:25
【问题描述】：

我已经根据参考 [使用 minimap2] 映射了一个 pacbio 读取，现在我的输出在 Bam 文件中。我想只从中提取映射的读取。我试过 bamToFastq [samtools bamtofq input.bam | seqtk seq -A > output.fa]，因为终于想把我的文件放在 fasta 中，但它没有用。这里有人有解决方案吗？

【问题讨论】：

标签： mapping bioinformatics fasta fastq genome

【解决方案1】：

使用 samtools 是一项简单的任务。您可以从 mapped.bam 调用 fasta。

samtools view -b -F 4 file.bam > mapped.bam

【讨论】：

我已经尝试过了，但它不适合我。它给出了一个几乎是空的奇怪输出。