【发布时间】:2019-01-21 20:57:58
【问题描述】:
以下 MEXed C 代码仅调用 magma 以反转矩阵。独立的 C 代码(也已发布)有效,但 mex 代码崩溃。
我已经三遍检查了文档,验证了其他 magma 功能是否按预期工作,并且 posted on the Magma forum and was told my code is fine(这篇文章是来自 Magma 论坛的交叉帖子)。这意味着问题出在mex上。我想知道是什么导致 mex 代码出现段错误以及如何让它按预期运行。
混合代码:
#include <mex.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <stddef.h>
#include <magma_v2.h>
#include <cuda_runtime.h>
void mat2magma(magmaDoubleComplex* p, double* pr, double* pi,int numElements)
{
int j=0;
for(j=0;j<numElements;j++){
p[j].x=pr[j];
p[j].y=pi[j];
}
}
void magma2mat(magmaDoubleComplex* p, double* pr, double* pi,int numElements)
{
int j=0;
for(j=0;j<numElements;j++){
pr[j]= p[j].x;
pi[j]= p[j].y;
}
}
/*gateway function*/
void mexFunction( int nlhs, mxArray *plhs[],
int nrhs, const mxArray *prhs[]) {
/*initialize magma*/
magma_init();
magma_queue_t queue = NULL;
magma_device_t dev;
magma_getdevice(&dev);
magma_queue_create(dev,&queue );
magma_int_t m,ldwork,info;
magma_int_t *piv;
magmaDoubleComplex *a,*da,*dwork;
/* Matlab -> Host */
m=mxGetM(prhs[0]);
piv=(magma_int_t*) malloc(m*sizeof(magma_int_t));
magma_zmalloc_cpu(&a,m*m);
mat2magma(a,mxGetPr(prhs[0]),mxGetPi(prhs[0]),m*m);
ldwork = m*magma_get_zgetri_nb(m);
/* Host -> GPU */
magma_zmalloc(&dwork,ldwork);
magma_zmalloc(&da,m*m);
magma_zsetmatrix(m,m,a,m,da,m,queue);
/*LU and Inverse */
magma_zgetrf_gpu(m,m,da,m,piv,&info);
magma_zgetri_gpu(m,da,m,piv,dwork,ldwork,&info);
/*GPU -> Host */
magma_zgetmatrix(m,m,da,m,a,m,queue);
/*Host -> Matlab*/
plhs[0] = mxCreateDoubleMatrix(m,m,mxCOMPLEX);
magma2mat(a,mxGetPr(plhs[0]),mxGetPi(plhs[0]),m*m);
free(a);
free(piv);
magma_free(dwork);
magma_free(da);
magma_queue_destroy(queue);
magma_finalize();
}
我用 mex CC=gcc LDFLAGS="-lmagma -lcudart -lcublas" magmaZinv.c 编译它然后从 matlab 中运行:
a=magic(3)+magic(3)*1i;
magmaZinv(a)
独立 C 代码:
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <math.h>
#include <stddef.h>
#include <magma_v2.h>
#include <cuda_runtime.h>
#include <sys/time.h>
#include <time.h>
/*gateway function*/
int main() {
/*initialize magma*/
magma_init();
magma_queue_t queue = NULL;
magma_device_t dev;
magma_getdevice(&dev);
magma_queue_create(dev,&queue );
int m,ldwork,info;
int *piv;
magmaDoubleComplex *a,*da,*dwork;
/* allocate and initialize a = magic(3)+magic(3)*1i; */
m=3;
piv=(int*) malloc(m*sizeof(int));
ldwork = m*magma_get_zgetri_nb(m);
magma_zmalloc_cpu(&a,m*m);
a[0].x=8;a[0].y=8;
a[1].x=3;a[1].y=3;
a[2].x=4;a[2].y=4;
a[3].x=1;a[3].y=1;
a[4].x=5;a[4].y=5;
a[5].x=9;a[5].y=9;
a[6].x=6;a[6].y=6;
a[7].x=7;a[7].y=7;
a[8].x=2;a[8].y=2;
/* Host -> GPU */
magma_zmalloc(&dwork,ldwork);
magma_zmalloc(&da,m*m);
magma_zsetmatrix(m,m,a,m,da,m,queue);
/*LU and Inverse */
magma_zgetrf_gpu(m,m,da,m,piv,&info);
magma_zgetri_gpu(m,da,m,piv,dwork,ldwork,&info);
/*GPU -> Host */
magma_zgetmatrix(m,m,da,m,a,m,queue);
/* display inv(a) */
for (int i=0;i<(m*m);i++){
printf("%f +%fi\n",a[i].x,a[i].y);
}
/* free memory */
free(a);
free(piv);
magma_free(dwork);
magma_free(da);
magma_queue_destroy(queue);
magma_finalize();
return 0;
}
我编译时使用:gcc -lmagma -lcudart Ccode.c -o Ccode.o
【问题讨论】:
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段错误在哪里?
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调用 magma_zgetrf_gpu 时发生 seg-fault。如果 magma_zgetrf_gpu 和 magma_zgetri_gpu 调用都被注释,则 MEXed 代码运行良好,只需将未更改的输入矩阵返回到 LHS。
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尝试在这些调用之前使用
mexPrintf打印一些值。最可能的情况是某些错误的类型已传递给这些输入变量之一。打印其中的 1 个元素,并查看哪个打印给出了段错误(或打印垃圾)。 -
我实际上在每个阶段都尝试过。每一个论点都是正确的。事实上,如果我不调用这两个函数,矩阵从 prhs -> 主机内存从 matlab 转换为交错 -> gpu 内存 -> 主机内存从交错转换为 matlab -> plhs。成功地。我真的很难过!我需要这个代码!
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必须有区别,否则该函数在 C 和 mex 版本中会做同样的事情。一旦暴力调试方法是创建一个函数,它将在
magma_zgetrf_gpu调用之前将所有变量保存到一个文本文件中。对两个版本使用完全相同的函数,并保存所有输入变量。然后试着看看有什么问题。但是,如果一切都一样,则预期会出现相同的行为,最终,计算机是确定性的。