numpy 1.9.0：ValueError：概率总和不等于 1

Question

我有一个大代码，它在某一时刻根据从 probability density function (PDF) 中获取的概率对数组中的值进行采样。

为此，我使用了numpy.random.choice，它在numpy 1.8.0 之前工作得很好。这是一个MWE（文件pdf_probs.txt可以下载here）：

import simplejson
import numpy as np

# Read probabilities from file.
f = open('pdf_probs.txt', 'r')
probs = simplejson.load(f)
f.close()

print sum(probs)  # <-- Not *exactly* 1. but very close: 1.00000173042
# Define array.
arr = np.linspace(1., 100., len(probs))

# Get samples using the probabilities in probs.
samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs)

问题是在使用numpy 1.9.0 测试后，上面的代码失败并出现错误：

Traceback (most recent call last):
  File "numpy_180_vs_190_np_random_choice.py", line 13, in <module>
    samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs)
  File "mtrand.pyx", line 1083, in mtrand.RandomState.choice (numpy/random/mtrand/mtrand.c:10106)
ValueError: probabilities do not sum to 1

鉴于使用非常小的浮点数时出现的小偏差，PDF 概率的总和不会恰好 1。

据我所知，以前版本的numpy (1.8.0) 显然比新版本的1.9.0 具有更大的容差，但我可能是错的。

为什么这适用于numpy 1.8.0 而不适用于1.9.0？如何使我的代码与新的 1.9.0 版本一起使用？

Answer 1

我认为 1.7e-6 是一个足够大的相对错误，值得抱怨。但是，如果您确信错误可以忽略不计，则可以很容易地重新规范化：

>>> probs = np.array(probs)
>>> probs /= probs.sum()
>>> probs.sum()
1.0
>>> samples = np.random.choice(arr, size=1000, replace=True, p=probs)
>>> samples[:5]
array([  1.37635054,   1.1287515 ,   1.7229892 ,  19.8967587 ,   2.07953181])