如何从 dockerfile 运行 bash 脚本答案

【问题标题】：How to run a bash script from dockerfile如何从 dockerfile 运行 bash 脚本
【发布时间】：2021-08-26 17:25:37
【问题描述】：

我正在使用 bash 脚本 (run.sh) 来运行 python 文件 (calculate_ssp.py)。代码工作正常。文件夹结构如下所示

├── dataset
    └── dataset_1.csv
├── Dockerfile
├── __init__.py
├── output
├── run.sh
├── scripts
│   ├── calculate_ssp.py
│   ├── __init__.py

bash 脚本是

#!/bin/bash

python3 -m scripts.calculate_ssp 0.5

现在，我正在尝试从 Dockerfile 运行 bash 脚本 (run.sh)。 Dockerfile的内容是

#Download base image ubuntu 20.04
FROM ubuntu:20.04

#Download python
FROM python:3.8.5

ADD run.sh .

RUN pip install pandas
RUN pip install rdkit-pypi

CMD ["bash", "run.sh"]

但是，我收到一个错误/usr/local/bin/python3: Error while finding module specification for 'scripts.calculate_ssp' (ModuleNotFoundError: No module named 'scripts')

您能告诉我为什么会收到错误消息（因为代码在 bash 脚本中运行良好）吗？

【问题讨论】：

您的 Dockerfile 永远不会将 Python 脚本添加到映像中。
另外，FROM ubuntu:20.04 并没有（我相信）做任何有效的事情，因为您会立即切换到 Python 基础映像。
@感谢您的评论。那么我应该删除FROM ubuntu:20.04 吗？而且，我必须做些什么来解决这个问题？
您必须将scripts 包添加到您的图像中，就像您必须添加run.sh 一样。
喜欢这个ADD scripts.calculate_ssp.py?

标签： python python-3.x bash docker dockerfile

【解决方案1】：

您需要将您的脚本所需的文件全部打包到镜像中。您可以删除 Ubuntu 基础映像，因为它没有被使用。（python 基础镜像基于已经提供 bash 的其他镜像。）

#Download python
FROM python:3.8.5

RUN pip install pandas
RUN pip install rdkit-pypi

ADD run.sh .
ADD scripts/ ./scripts

CMD ["bash", "run.sh"]

【讨论】：

谢谢。还有一件事，因为我将输出（来自calculate_ssp.py）文件保存在output 文件夹中。所以，我还要加ADD output/ ./output?
不，但这是另一个问题的主题。您需要在映像中创建目录，然后在创建容器时在该路径上挂载一个外部目录。
Opps 我收到一个新错误。未找到数据集文件！我用来在calculate_ssp.py中获取数据集文件的代码是dataset = pd.read_csv(os.path.join(os.path.join(os.getcwd(), "dataset"), "dataset_1.csv"), index_col=None)
再次，另一个问题的主题。上面提出的问题已经得到解答。