如何可视化基因网络和基因簇？

Question

我正在处理生物数据 - 即基因组。例如：

group 1: geneA geneB geneC
group 2: geneD geneE
group 3: geneF geneG geneH

对于每一对基因，geneX 和 geneY 我有一个分数来说明这两个基因有多相似（实际上，我有两个分数，因为我使用了 BLAST，它是“定向的”：我首先搜索了@987654325 @ 对抗所有其他基因，然后geneY 对抗所有其他基因，所以我有两个geneX--geneY 分数，但我想我可以取两者中较低的分数，或平均值）。

所以，假设我对每对基因只有一个分数。我的数据可以看成一个无向图：

并且回忆每条边都有一个附加的分数。

现在，我想做的是：

1. 以交互方式可视化我的数据：能够单击基因节点 并打开附加到它们的链接，仅显示高于/低于某个阈值的边缘，控制网络如何“传播”等。

2. 将组聚集在一起 是相似的，即具有 相似的基因。

关于如何做到这一点的任何想法？我想这是基本的集群，我会很感激任何关于包/软件的提示，在这里可以提供任何帮助。

谢谢。

Answer 1

如果您在BioStar（生物信息学堆栈交换中心）上提问，您可能会得到更好的答复。 具体来说，此线程中的许多答案可能是相关的：

Which is the best software to represent biological pathways in a directed graph (network) ?

Answer 2

你可以试试cluto。您必须将三元组（gene_1、gene_2、相似性）转换为矩阵并使用“集群”。