在 K-Means 中传递自定义距离函数答案

【问题标题】：Passing Custom Distance Functions in K-Means在 K-Means 中传递自定义距离函数
【发布时间】：2012-08-21 22:38:30
【问题描述】：

有没有办法在 MATLAB k-means 中传递自定义距离函数（例如 jaccard 距离）执行？

杰卡德距离函数

D = pdist(X,'jaccard');

【问题讨论】：

如果您想查看可与任意距离函数一起使用的简单实现，请查看 - stackoverflow.com/questions/9859213/…。

标签： matlab k-means

【解决方案1】：

您需要做的是使用 SVD 将距离矩阵分解为特征空间，然后对由 SVD 的分数表示的新特征空间执行 kmeans。请参阅 Rob Tibshirani 的《统计学习要素》。

或者你可以做 k 个与距离矩阵一起工作的 mediods - R 中的 as.dist() 会将一个矩阵转换为一个 dist 对象，然后你可以在这个对象上做 K-mediods。

【讨论】：

【解决方案2】：

从documentation，我们了解到我们可以将'distance' 选项传递给kmeans：

'距离'

距离度量，在 p 维空间中。 kmeans 最小化关于这个参数。 kmeans 计算质心簇不同支持的距离测量值不同。

'sq欧几里得'

平方欧几里得距离（默认）。每个质心是该集群中的点。

'城市街区'

绝对差之和，即 L1 距离。每个质心是该集群中点的组件中位数。

'余弦'

1 减去点间夹角的余弦值（视为向量）。每个质心是该簇中点的平均值，在将这些点标准化为单位欧几里得长度之后。

'相关性'

1 减去点之间的样本相关性（视为序列值）。每个质心是该集群，在将这些点居中并将其归一化为零之后均值和单位标准差。

'汉明'

不同位的百分比（仅适用于二进制数据）。每个质心是该集群中点的组件中位数。

所以，例如：

[idx,ctrs] = kmeans(X,2, 'Distance','cityblock');

至于 自定义 函数（即用户实现的）：AFAIK，如果不破解相关的 m 文件，这是不可能的。

【讨论】：