MATLAB使用pdist处理时间序列聚类

Question

我在使用 MATLAB 进行时间序列数据聚类时遇到问题

我正在尝试使用下面的 DTW 库作为我的距离测量方法 http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/16350-continuous-dynamic-time-warping

TimeData = csvread('testData10.csv',1,0)
Y = pdist(TimeData,@dtw_dist)
Z = linkage(Y,'complete')
dendrogram(Z) 

我做了一个函数来适应'pdist'距离函数的格式

function d2 = dtw_dist(XI,XJ)
    [dist,D,k,w,rw,tw] = dtw2(XI,XJ,0)
    d2 = dist
end

但我收到错误消息

Error using pdist (line 373)
Error evaluating distance function 'dtw_dist'.

Caused by:
    Error using  - 
    Matrix dimensions must agree.

如果有人帮助我，我会很高兴

谢谢！

---2015.1.5更新---

我将我的功能更改为调用 dtw 以适应格式 它有效

function d2 = dtw_dist(XI,XJ)
    result =[];
    [m1,n1] = size(XI);
    [m2,n2] = size(XJ);
    for j=1:m2
        result = horzcat(result,dtw(XI,XJ(j,:)));
    end
    d2=result;    
end

Answer 1

如果不知道dtw2 是什么，很难说清楚。但是有一个可能的原因：当您使用自定义距离函数调用pdist2 时，它应该满足以下条件：

距离函数的格式必须为

     function D2 = DISTFUN(ZI,ZJ)

将包含来自 X 或 Y 的单个观测值的 1×N 向量 ZI、包含来自 X 或 Y 的多个观测值的 M2×N 矩阵 ZJ 作为参数，并返回一个 M2×1 距离向量D2，其第J个元素是观测值ZI和ZJ(J,:)之间的距离。

检查dtw2 是否满足，如果不满足，则进行相应修改（或使用循环代替pdist2）。