如何基于行创建seaborn clustermap并提取行标签？答案

【问题标题】：How to create a seaborn clustermap based on rows and extract row labels?如何基于行创建seaborn clustermap并提取行标签？
【发布时间】：2020-10-17 16:00:13
【问题描述】：

我有一个包含项目列表和相关值的数据框。哪种指标和方法最适合执行聚类？

我想仅基于行从列表中创建一个seaborn clustermap（树状图加热图），映射它（如图所示是代码），但是我怎样才能获得每个集群的项目列表或每个蛋白质及其簇信息。（类似于Extract rows of clusters in hierarchical clustering using seaborn clustermap，但仅基于行而不是列）
如何确定哪种“方法”和“指标”最适合我的数据？

data.csv 示例：

item,v1,v2,v3,v4,v5
A1,1,2,3,4,5
B1,2,4,6,8,10
C1,3,6,9,12,15
A1,2,3,4,5,6
B2,3,5,7,9,11
C2,4,7,10,13,16

我创建集群图的代码：

import pandas as pd
from scipy.cluster.hierarchy import linkage, dendrogram, fcluster
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import scipy.cluster.hierarchy as sch

df = pd.read_csv('data.csv', index_col=0)
sns.clustermap(df, col_cluster=False, cmap="coolwarm", method='ward', metric='euclidean', figsize=(40,40))
plt.savefig('plot.pdf', dpi=300)

【问题讨论】：

感谢您编辑问题
集群是无监督的，这意味着有一些指标可以告诉你集群是否稳定或解释更多的差异，但最终，它是相当主观的。这取决于您的最终目标，您自己必须清楚这一点。您可以尝试不同的层次聚类方法，并使用 clustermap 中的row_linkage= 选项提供链接。
@StupidWolf 非常感谢，有什么方法可以检查哪种方法对我们的数据最有效（一种验证）。

标签： python seaborn cluster-analysis

【解决方案1】：

我只是一起破解了这个。这是你想要的吗？

import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns

cars = {'item': ['A1','B1','C1','A1','B1','C1'],
        'v1': [1.0,2.0,3.0,2.0,3.0,4.0],
        'v2': [2.0,4.0,6.0,3.0,5.0,7.0],
        'v3': [3.0,6.0,9.0,4.0,7.0,10.0],
        'v4': [4.0,8.0,12.0,5.0,9.0,13.0],
        'v5': [5.0,10.0,15.0,6.0,11.0,16.0]
        }

df = pd.DataFrame(cars)
df

heatmap_data = pd.pivot_table(df, values=['v1','v2','v3','v4','v5'], 
                              index=['item'])
heatmap_data.head()
sns.clustermap(heatmap_data)

df = df.drop(['item'], axis=1)
g = sns.clustermap(df)

此外，请查看下面的链接以获取有关此主题的更多信息。

https://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.clustermap.html

https://kite.com/python/docs/seaborn.clustermap

【讨论】：

非常感谢，但我正在寻找 seaborn custermap :)
对不起，我看到了集群，我以为你指的是别的东西。我刚刚更新了我的答案。希望有帮助。我唯一不能真正理解的是您所做的“提取行”评论。
感谢您的努力，但我的代码中已经完成了很多工作。我想要的是仅基于行的集群图（也在我的代码中使用“col_cluster = False”选项完成）。我想要的是我的项目的列表格式，它们在基于行进行聚类后属于哪个集群。