如何从 R clusplot() 获取点坐标和簇标签答案

【问题标题】：How to get the point coordinates and cluster labels from R clusplot()如何从 R clusplot() 获取点坐标和簇标签
【发布时间】：2015-07-23 11:09:13
【问题描述】：

我使用k-medoids算法pam基于（对称）距离矩阵tmp进行聚类，如下：

if(!require("cluster")) { install.packages("cluster");  require("cluster") } 
tmp <- matrix(tmp <- matrix(c( 0,  20,  20,  20,  40,  60,  60,  60, 100, 120, 120, 120,
             20,   0,  20,  20,  60,  80,  40,  80, 120, 100, 140, 120,
             20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140,  80,
             20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80, 120, 140, 140, 140,
             40,  60,  60,  60,   0,  20,  20,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,   0,  20,  20,  40,  60,  60,  60,
             60,  40,  80,  80,  20,  20,   0,  20,  60,  80,  80,  80,
             60,  80,  80,  80,  20,  20,  20,   0,  60,  80,  80,  80,
             100, 120, 120, 120,  60,  40,  60,  60,   0,  20,  20,  20,
             120, 100, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,   0,  20,  20,
             120, 140, 140, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,   0,  20,
             120, 120,  80, 140,  80,  60,  80,  80,  20,  20,  20,   0),
             nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12]))
tmp_pam <- pam(as.dist(tmp, diag = TRUE, upper = TRUE) , k=3)
tmp_pam$clusinfo # get cluster info
tmp_pam$silinfo # get silhouette information
clusplot(tmp_pam)

我读过hereclusplot 使用cmdscale 和princomp，这是有道理的。但是，没有给出操作的顺序。

如何从clusplot 的输出中获取 Component1 和 Component2 坐标，以及它们的集群标签和点 ID？ 我想访问这些以修改/绘制它们在ggplot中。

我可以猜测绘图与轮廓信息有某种关系，但不太明白我们如何得到下面的最终绘图：

【问题讨论】：

可以访问函数的代码（即edit(cluster:::clusplot.default)）
@Pascal，谢谢 - 我实际上只是在看代码。它看起来很长。我最好猜测一下如何实现它。
这个查询发生了什么？你有没有设法找到一种方法来获得你所追求的坐标？我有完全相同的问题，我想在fviz_cluster 图中确定一个特定点。

标签： r ggplot2 cluster-analysis

【解决方案1】：

根据文档，clusplot 使用任一

主成分分析
多维缩放

投影您的数据。可能取决于您传递的是数据还是距离矩阵。

【讨论】：

我输入了一个距离矩阵（上面的tmp）。我认为它的作用是：1- 找到 medoid 中心，2- 通过 cmdscale 和 princomp 投影到 2-D，3- 在每个集群中心周围放置集群成员（我不知道该怎么做）。如果它不能访问坐标和其他情节元素并强制重新发明轮子，那就太可惜了。