R vegan simper 分析：修改距离矩阵

Question

我正在使用 Vegan 软件包中的简单分析，以确定哪些氨基酸导致不同样品之间的蛋白质组成变化。正如我从discussion 中了解到的那样， simper() 函数使用 Bray-Curtis。我需要使用另一个相异指数，通常是欧几里得。我怎样才能在函数中修改它？谢谢。

Answer 1

仅更改相异性是微不足道的，但您使用的相异性应该是您可以按物种添加和分析术语。 平方欧式距离的术语就是这样。然而，simper() 制作了各种不同的奇怪技巧，我完全不确定这些技巧是否适用于平方欧几里德距离（我什至不确定它们是否适用于我们使用的 Bray-Curtis，但至少它们符合公布的方法）。注意，我们警告不要使用simper。这是帮助页面的摘录——我希望你已经阅读了：

“简单”的结果可能很难解释。这 方法非常严重地混淆了组间差异和 在群体变异中，并且似乎挑选出可变物种 而不是独特的物种（Warton et al. 2012）。即使你 制作彼此复制的组，该方法将单一 出具有高贡献的物种，但这些不是 对不存在的组间差异的贡献，但 物种丰度的组内变异。

也就是说，从 Bray-Curtis 切换到平方欧几里得，您应该更改以下几行。但是，我建议您不要使用此功能：

diff --git a/R/simper.R b/R/simper.R
index 35fa189..f60c57f 100644
--- a/R/simper.R
+++ b/R/simper.R
@@ -13,9 +13,8 @@
         n.b <- nrow(gb)
         for(j in seq_len(n.b)) {
             for(k in seq_len(n.a)) {
-                mdp <- abs(ga[k, , drop = FALSE] - gb[j, , drop = FALSE])
-                mep <- ga[k, , drop = FALSE] + gb[j, , drop = FALSE]
-                contrp[(j-1)*n.a+k, ] <- mdp / sum(mep)
+                mdp <- (ga[k,, drop=FALSE] - gb[j,, drop = FALSE])^2
+                contrp[(j-1)*n.a+k, ] <- mdp
             }
         }
         colMeans(contrp)
@@ -53,9 +52,8 @@
         contr <- matrix(ncol = P, nrow = n.a * n.b)
         for (j in seq_len(n.b)) {
             for (k in seq_len(n.a)) {
-                md <- abs(group.a[k, , drop = FALSE] - group.b[j, , drop = FALSE])
-                me <- group.a[k, , drop = FALSE] + group.b[j, , drop = FALSE]
-                contr[(j-1)*n.a+k, ] <- md / sum(me)
+                md <- (group.a[k,,drop=FALSE] - group.b[j,,drop=FALSE])^2
+                contr[(j-1)*n.a+k, ] <- md
             }
         }
         average <- colMeans(contr)