如何使用python测量骨架长度的想法答案

【问题标题】：Ideas how to measure the length of a skeleton using python如何使用python测量骨架长度的想法
【发布时间】：2016-03-02 23:24:52
【问题描述】：

在图像上应用skeletonization后(),

我想使用 python 测量骨架的最长分支或脊柱。 ImageJ 有几个工具可以完成这项工作，一个是 Measure_Skeleton_length，另一个是 AnalyzeSkeleton。 python中的任何工具或建议？

【问题讨论】：

标签： python image-processing scipy scikit-image

【解决方案1】：

我不知道 python 工具，但从算法的角度来看，这是一种方法：

检测所有极端像素（分支上的最后一个像素，因此像素只有一个邻居）
对于每个 o 这些像素，计算一个测地线距离图。

那么你在地图计算过程中找到的最大距离就是你想要的距离。第 1 点是基本编码，所以你可以在 Python 中完成，但你必须为第 2 点找到一个库。

【讨论】：

以类似的方式，您可以检测一些极值点，然后使用skimage.graph 计算它们之间的最短连接路径。最大结果可能接近最长的分支长度。

【解决方案2】：

这是对原始问题的一个很晚的回复，但以防万一仍然有需要的人最终可能会阅读这篇文章。有一个很棒的用于分析骨架的 python 包，名为FilFinder (pip install fil_finder)，它优雅地解决了这个问题。以下是他们的tutorial采用的代码

import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
from fil_finder import FilFinder2D
import astropy.units as u

skeleton = ... #in numpy array format

fil = FilFinder2D(skeleton, distance=250 * u.pc, mask=skeleton)
fil.preprocess_image(flatten_percent=85)
fil.create_mask(border_masking=True, verbose=False,
use_existing_mask=True)
fil.medskel(verbose=False)
fil.analyze_skeletons(branch_thresh=40* u.pix, skel_thresh=10 * u.pix, prune_criteria='length')

plt.imshow(fil.skeleton, cmap='gray')
plt.contour(fil.skeleton_longpath, colors='r')
plt.axis('off')
plt.show()

哪个输出

【讨论】：