使用“scipy.integrate.odeint”时出错

Question

我正在使用函数scipy.integrate.odeint，但出现意外错误。我的代码如下：

import numpy as np
from scipy.integrate import odeint

def hyper_exp_ODE(y, s, λ, k, μ, p):
    F, H = y
    C_bar_s = 1 - (1 - F) **k
    rhs = [-λ * np.sum(p * μ * H) + λ * C_bar_s]
    rhs.extend([-μ[i] * H[i] + C_bar_s for i in range(len(μ))])
    return rhs

def limit_hyper_exp(S, λ, k, N, μ, p):
    S_range = np.linspace(0,S,N)
    y0 = (1-λ, np.zeros(len(μ)))
    sol = odeint(hyper_exp_ODE, y0, S_range, args = (λ, k, μ, p))
    return sol, S_range

S = 10
λ = 0.8
k = 2
N = 100
μ, p = np.array([2.0, 1.2]), np.array([0.2, 0.8])

sol, S_range = limit_hyper_exp(S, λ, k, N, μ, p)

我意外地收到错误ValueError: setting an array element with a sequence.，我之前使用过非常相似的代码，但我没有进行矢量化，而是明确键入了所有内容，但这段代码似乎与我等价（但显然不是）。

Answer 1

问题出在这一行：

    y0 = (1-λ, np.zeros(len(μ)))

这使得y0 成为一个长度为 2 的元组，其中包含一个标量和一个 numpy 数组。当odeint 中的代码尝试将其转换为 numpy 数组时，会发生错误。例如，

In [7]: y0 = (1, np.zeros(4))

In [8]: np.array(y0)
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-9a58cb72863b> in <module>()
----> 1 np.array(y0)

ValueError: setting an array element with a sequence.

您可以改为使用类似的东西创建y0

y0 = [1-λ] + [0]*len(μ)

或

y0 = np.zeros(len(μ) + 1)
y0[0] = 1-λ