在 R 中读取稀疏矩阵时出错

【问题标题】：Error when reading sparse matrix in R在 R 中读取稀疏矩阵时出错
【发布时间】：2017-03-11 23:07:27
【问题描述】：

我正在尝试读取 R 中具有对称稀疏矩阵的 .mtx 文件。我正在使用 e1071 包和以下命令：

read.matrix.csr("filename.mtx")

但我收到以下错误：

rja[, 2] 中的错误：下标越界另外：警告信息：在 read.matrix.csr("soc-twitter-follows.mtx") 中：强制引入的 NAs

我尝试了其他 .mtx 文件，但我不断收到相同的错误。有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： r matrix sparse-matrix

【解决方案1】：

你确定你的 mtx 文件真的是 csr 格式吗？

如果我尝试使用 e1071 的 read.matrix.csr 从 Matrix 包中打开 mtx 文件，我会遇到与您相同的错误。

但是，我可以使用 Matrix::readMM 打开该文件，然后使用 write.matrix.csr（来自 Matrix）保存它。那时，我知道我有一个有效的 csr 文件，它确实可以用 e1071::read.matrix.csr 打开。

library(Matrix)
library(e1071)

e1071::read.matrix.csr(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

pores <-
  Matrix::readMM(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

write.matrix.csr(x = pores, file = 'pores.csr')

from.csr <- e1071::read.matrix.csr('pores.csr')

【讨论】：