大型矩阵的热图并获得清晰的标签答案

【问题标题】：Heatmap for a large matrix and get the clear labels大型矩阵的热图并获得清晰的标签
【发布时间】：2016-06-18 01:19:22
【问题描述】：

如何从 R 中的 305 列和 865 行的矩阵中绘制热图。

我为矩阵编写的代码是

nba <- read.csv("mydata.csv", sep=",")

row.names(nba) <- nba[,1]
nba <- nba[,2:865]

nba_matrix <- data.matrix(nba)
nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = brewer.pal(9, "Blues"), scale="column", margins=c(5,10))

现在代码为我提供了如下所示的热图，但标签不清楚。请帮助我获得清晰的热图。

【问题讨论】：

请说明您所说的“不清楚”是什么意思。你想摆脱标签吗？
我希望标签清晰可见
将有 865 个标签，如果您减小字体大小以避免重叠，将很难看到它们。想想你是否真的需要所有这些信息。
是的，我需要所有信息，Y 轴有 305 个标签，X 轴有 865 个标签

标签： r matrix heatmap large-data

【解决方案1】：

既然你说你需要所有的标签，我看到的唯一方法就是减小字体大小。您可以通过在对heatmap() 的调用中设置cexCol 和cexRow 参数来做到这一点；比如这样：

heatmap(as.matrix(iris[,1:3]),cexRow = 0.1, cexCol = 0.1,)

【讨论】：

谢谢，但还是一样...图片没有变化
您尝试过改变 cexRow 和 cexCol 吗？我只是以 0.1 作为 iris 数据集的示例，您可能必须选择一个较小的值。