在python中读取并行netCDF CDF-5格式数据答案

【问题标题】：Reading parallel netCDF CDF-5 format data in python在python中读取并行netCDF CDF-5格式数据
【发布时间】：2016-04-12 11:45:28
【问题描述】：

我有大量使用并行 netCDF 生成的数据，有足够的条目，只能以 CDF-5 格式生成输出。我在 python 中有一个分析例程，我想通过这些数据。但是，我一直无法用任何 python 包打开 CDF-5 格式（或者访问，或者用 ncdump 读取头文件，尽管 ncmpidump -h 当然提供了正确的头信息）。有人知道吗

1) 一个可以读取CDF-5格式数据的python包

2) 一个实用程序，可以将并行 netCDF CDF-5 数据转换为更广泛支持的数据，例如 HDF5，然后我可以将其读入 python？

当然首选选项 1。

谢谢

【问题讨论】：

您尝试过哪些 python 模块？我知道 scipy.io 中的包不同于 python-netcdf4 并且独立于 C 库。但是如果这不起作用，您可能需要自己将 C 库包装到 python。
scipy.io 和 python-netcdf4 都不起作用。我最终只是编写了一个小 C 程序，使用并行 netCDF 将 CDF5 转换为 CDF2，这相对容易，下面包含示例。看起来并行的 netCDF 团队已经承诺在标准的 netCDF 发行版中包含对 CDF5 的支持，但他们负责此任务的博士后不断离开 :)

标签： python netcdf

【解决方案1】：

最新的NCO 预发布版本 4.5.5-alpha02 支持 CDF5，以及与所有 netCDF 类型（包括 netCDF4）的 CDF5 之间的转换，例如，ncks -4 in_5.nc out_4.nc 将 CDF5 文件转换为 netCDF4。要求是 NCO 必须使用几天前发布的 netCDF 4.4.0 构建。

【讨论】：

【解决方案2】：

netcdf4-python 库的最新版本应该能够利用 C 库 4.4 版本中添加的对 CDF-5 的支持。更多详情请看这里：https://github.com/Unidata/netcdf4-python/pull/482

【讨论】：