在 for 循环中使用 ncks 从多个 netcdf 文件中提取数据答案

【问题标题】：Extract data from several netcdf files using ncks in for loop在 for 循环中使用 ncks 从多个 netcdf 文件中提取数据
【发布时间】：2019-07-01 10:23:30
【问题描述】：

我正在尝试从 netcdf 文件中提取某些变量。如果我将以下代码应用于单个文件，则以下代码有效：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc

另请参阅问题：Hyperslab of a 4D netcdf variable using ncks 以获得解释。现在我想在几个具有以下名称的 .nc 文件上使用此代码：

20091208000001.nc
20091208000002.nc
20091208000003.nc

我尝试了以下循环：

# !bin/bash
for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

我得到了错误

ncks: ERROR received 4 filenames; need no more than two

如何让循环一次只从一个文件中提取，然后将所有文件中提取的输出附加到一个输出文件中？

【问题讨论】：

对于每次循环迭代，从 20091208000001.nc 到 ..3.nc 的每个文件都会被处理。所以它基本上是一次一个文件。这有什么问题
我不知道它应该工作。这就是我发布它的原因。我在输出中收到此错误 4 次。

标签： linux bash netcdf nco

【解决方案1】：

我认为 ni_u,234,235,1 被误认为是另一个文件名。在此之前，您需要另一个 -d。

如果您正在处理多个 nc 文件，您可能需要重命名 testU.nc 以使它们不重叠，或者您可以使用 ncrcat 连接到一个文件中。例如

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

【讨论】：

如果这是原因（这是有道理的，顺便说一句），那么在问题中提出的代码在循环外正常工作的说法将是错误的:-(
@Poshi 是的，我知道，前一天它工作得很好，我没有看到 -d 丢失了。经验教训...
这就是我要求你重新运行命令的原因，我写了你必须测试的确切命令，你只需剪切和粘贴并检查语句是否正确。顺便说一句，纠正这个问题会很好，这样答案才有意义。

【解决方案2】：

我在您的脚本中发现了一些错误，但没有任何可能导致您的实际错误。

shebang 行不应包含空格且路径应为绝对路径

for 条件中有一个逗号，应该是分号

#!/bin/bash

for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
    ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

当我将 echo 添加到您要运行的命令之前，我会得到以下结果：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000002.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000003.nc testU.nc

三个调用，每个调用一个文件。该代码正在运行。好像还有别的东西。您是在简化代码还是向我们展示完整代码？

【讨论】：

我纠正了错误，仍然是同样的错误。我使用 bash namescript.sh 来运行它。
@Jellyse 我用我得到的结果更新了我的答案。
这是我在 testing.sh 文件中的完整代码该文件夹只有这三个文件和 testing.sh 文件。是否可能 nco 没有正确安装？
好的，我重新安装了，还是一样的错误。我唯一能想到的是，在我的计算机上的某个地方有另一个同名的文件，这就是它混淆的原因。
@Jellyse，将 echo 添加到您的命令 (echo ncks -C......) 并检查输出。计算机中有其他同名文件不会导致此错误。

【解决方案3】：

@Packard 在这两个方面都是正确的。此外，步幅为 1 是默认值，因此不需要。因此

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152 -d ni_u,234,235 -v vel_u 2009120800000${x}.nc testU${x}.nc

【讨论】：

【解决方案4】：

我根据我想要的维度（纬度，经度）编辑了上面的代码

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

反馈是这样的：

提示：如果操作失败，请尝试 multislabbing (http://nco.sf.net/nco.html#msa) 首先使用 ncks 包装尺寸，然后将 ncrcat 应用到生成的文件中

【讨论】：