使用 h5py 打开 mat 文件并将数据转换为 numpy 矩阵答案

【问题标题】：Opening a mat file using h5py and convert data into a numpy matrix使用 h5py 打开 mat 文件并将数据转换为 numpy 矩阵
【发布时间】：2016-09-15 00:29:35
【问题描述】：

我有一个 mat 文件，其中包含 2 个不同的单元格，其中包含不同大小的矩阵。我需要使用 h5py 将该数据转换为一个 numpy 数组进行实验（我是 h5py 的新手。我认为这很简单，因为它解释了 here

读取文件效果很好，将数据放入 numpy 数组也效果很好，但我需要每个单元格内每个矩阵内每个位置的值表示，考虑到当我打印例如 np.array(x[0][1]) 时，我只收到对array(< HDF5 object reference>, dtype=object) 的引用，我需要其中的值...

在 matlab 中将单元格转换为 3d 矩阵看起来很诱人，但是除了读取数据和进行计算（不保存任何内容）之外，我不计入 root 权限在 Matlab 中执行任何操作。

如果有人已经对此进行了研究，或者有人对如何获取这些数据有任何想法，我愿意听取您的建议。

【问题讨论】：

标签： python matlab numpy cell-array h5py

【解决方案1】：

寻找matlab和h5py我找到了

read matlab v7.3 file into python list of numpy arrays via h5py (2014)

Reading a Matlab's cell array saved as a v7.3 .mat file with H5py (2015)

How to read a v7.3 mat file via h5py? (2013)

MATLAB 结构和单元不直接映射到 h5 或 numpy 类。所以倾向于将它们嵌入object 数组中。当使用scipy.io.loadmat 读取旧的.mat 文件时也会出现此问题。要从 dtype=object 数组中拉出一个元素，您需要使用进一步的索引，这对于 0d 数组可能有点棘手。

让我举例说明

In [603]: a = np.arange(4)

创建一个包含 1 项的一维数组，并插入 a

In [604]: b = np.array([None], dtype=object)
In [605]: b[0] = a

In [606]: b
Out[606]: array([array([0, 1, 2, 3])], dtype=object)

使用索引检索a 或item：

In [607]: b[0]
Out[607]: array([0, 1, 2, 3])

In [608]: b.item()
Out[608]: array([0, 1, 2, 3])

但如果是 0d numpy 数组：

In [618]: c=np.array(None)    
In [619]: c
Out[619]: array(None, dtype=object)
In [620]: c[()]=a

In [621]: c
Out[621]: array(array([0, 1, 2, 3]), dtype=object)

In [622]: c.item()
Out[622]: array([0, 1, 2, 3])

In [623]: c[()]
Out[623]: array([0, 1, 2, 3])

在这种情况下，您必须使用空元组进行索引，()。

【讨论】：

【解决方案2】：

你必须按如下方式调用元素：

np.array(x)[0, 1]

【讨论】：