使用本地安装的依赖项 Pip install scikit-image答案

【问题标题】：Pip install scikit-image using locally installed dependency使用本地安装的依赖项 Pip install scikit-image
【发布时间】：2017-07-07 10:54:51
【问题描述】：

我正在尝试在我没有管理员权限的服务器上安装 scikit-image。 Scikit-image 需要 Cython >= 0.23 作为依赖项，但服务器全局安装了 Cython 0.21。

$ which Cython
/opt/apps/software/MPI/GCC/4.8.3/OpenMPI/1.8.8/Python/2.7.9/bin/cython

$ cython --version
Cython version 0.21.2

我可以在本地将 Cython 0.25.2 安装到我的项目的 .pip 文件夹中（遵循建议 here）：

$ pip install Cython -t .pip
$ python ./.pip/cython.py --version
Cython version 0.25.2

我已将./.pip 添加到我的 PYTHONPATH 的开头，但是当我尝试安装 scikit-image 时，我得到了

$ pip install --user scikit-image
...
RuntimeError: Cython >= 0.23 needed to build scikit-image

如何告诉 pip 安装使用 my_project/.pip 中的 Cython 版本？

【问题讨论】：

当我使用 pip install --user --upgrade Cython 将 Cython 安装到我的 $HOME 目录时，我也遇到了同样的问题
你试过 pip install --user cython 吗？
我做到了，只是意识到我需要将 ~/.local/bin 添加到我的 PATH 中。我现在可以运行 cython --version 并获得 Cython 0.25.2，但 scikit-image 的用户安装仍然不满意并且给了我相同的版本控制错误。
所以我已经完成了export PYTHONPATH=~/.local/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH，但是特定于集群的 Cython 安装首先出现在 Python 的 sys.path 中。无论如何让我的站点包显示在sys.path 的顶部？
如果你查看源代码，添加上述路径，然后尝试python setup.py build_ext --inplace，你会看到同样的错误吗？

标签： python dependencies cython scikit-image

【解决方案1】：

事实证明，集群模块管理系统正在将旧版本的 Cython 添加到 Python 的 sys.path，其优先级高于我可以添加到 PYTHONPATH 中的任何内容。当我卸载我一直在使用的Python模块时，集群上的默认版本是2.7.5，它没有pip，所以我无法在模块卸载时以用户身份安装scikit-image（另外，没有该模块，缺少许多依赖项）。

解决方案是使用 virtualenv，创建一个环境并在该环境中安装我的包。为了运行我的代码，我现在使用/path/to/virtualenv/python my_file。

从好的方面来说，我现在对集群模块系统和 Python 路径有了更多的了解。手指交叉这个答案最终对其他人有用。关于 Python 在何处查找依赖项的有趣讨论是 here。

【讨论】：