在 raster 包中使用 calc() 时，当 na.rm=TRUE 时，标准差函数会引发错误

【问题标题】：standard deviation function throws error when na.rm=TRUE while using calc() in raster package在 raster 包中使用 calc() 时，当 na.rm=TRUE 时，标准差函数会引发错误
【发布时间】：2016-05-14 03:58:41
【问题描述】：

我正在尝试使用 raster 包中的 calc() 函数从光栅砖对象计算简单的标准偏差函数。我有缺失值并希望将它们排除在外。我想我应该可以通过包含 na.rm=TRUE 参数来排除它们，但是当我这样做时，我会收到一个错误：

Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) :
cannot use this function. Perhaps add '...' or 'na.rm' to the function arguments?

下面我创建了一个简单的示例来演示（注意：我已经为总体编写了自己的标准差函数，因为内置的 sd 函数用于样本标准差。但是，它会引发相同的错误）

r <- raster(nrow=10, ncol=10)
r1 <- setValues(r, 5)
r2 <- setValues(r, 10)
r3 <- setValues(r, 11)
r4 <- setValues(r, NA)
s <- stack(r1, r2,r3,r4)

pop.sd=function(x)(sqrt(var(x)*(length(x)-1)/length(x)))

stdv<-calc(s, fun=pop.sd, na.rm=T)

应返回一个全为 2.624 的栅格图层。有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： r raster na calc

【解决方案1】：

这是因为你的函数没有接受参数na.rm。 calc 的帮助文件显示 na.rm 如果受 'fun' 支持。以下函数解决了这个问题：

pop.sd=function(x, na.rm){
  v = var(x,na.rm = na.rm)
  l = if(na.rm) sum(!is.na(x)) else length(x)
  sqrt(v*(l-1)/l)
}

stdv<-calc(s, fun=pop.sd, na.rm=TRUE)

if 语句确保正在使用的x 的长度对于调整是正确的，同时还去除了NA 值。

您还可以使用... 表示法将其他参数传递给函数。所以你可以有

pop.sd=function(x, ...){
  v = var(x,...)
  l = sum(!is.na(x))
  sqrt(v*(l-1)/l)
}

在这种情况下，由于var 返回NA，如果有NA 值没有被剥离，则不需要检查相同的长度条件。

【讨论】：