栅格数据：R 的内存问题 - 无法分配矢量答案

【问题标题】：raster data: memory issue with R - cannot allocate vector栅格数据：R 的内存问题 - 无法分配矢量
【发布时间】：2021-03-22 01:22:48
【问题描述】：

大家，我正在尝试使用 rayshader 包获取 3D 地图，但显然该文件太大而无法由 RStudio 处理。以下是部分代码：

(...)

elevation = raster::merge(srtm,srtm2) #works fine
height_shade(raster_to_matrix(elevation)) %>% plot_map() #works fine
 
piecergb <- raster::stack(piece) #works fine

setValues(piecergb, scales::rescale(values(piecergb), to = c(0, 255)))

   Error: cannot allocate vector of size 11.9 Gb

所以，我首先检查了我的 RStudio 的容量：

memory.size()
[1] 27720.21

memory.limit()
[1] 2e+05 ###this I have previously changed with memory.limit(size=200000)

并调用 gc() 来清理我的会话

gc()
            used   (Mb) gc trigger    (Mb)   max used    (Mb)
Ncells   2766617  147.8    4954078   264.6    4954078   264.6
Vcells 404719527 3087.8 3551300168 27094.3 3774733748 28799.0

然后我重新启动了我的 RStudio，重新定义了内存限制并再次尝试。但我仍然收到相同的错误消息。有人知道如何解决这个问题吗？到目前为止我还没有找到其他解决方案，无法继续绘制地图。

我的系统信息是：

Sys.info()
       sysname        release        version       nodename        machine          login           user effective_user 
     "Windows"       "10 x64"  "build 18363"        "NSF85"       "x86-64"      "install"      "install"      "install"

非常感谢您

阿德里安娜

【问题讨论】：

标签： r memory raster r-raster

【解决方案1】：

在这一行中，您使用 values 将所有像元值从 Raster* 对象 piecergb 读取到内存中，然后使用 setValues 将它们再次分配给 Raster*。

x <- setValues(piecergb, scales::rescale(values(piecergb), to = c(0, 255)))

如果您的数据集很大，这会导致问题。相反，请使用 raster 包中的方法（这些方法可以避免该问题）。我认为你所做的相当于

x <- clamp(piecergb, 0, 255)

另见?reclassify

【讨论】：

我尝试了您的方法并且它有效，但不适用于我脚本的以下步骤。我尝试了raster::plotRGB(xt, scale=255^2)（其中 xt 是clamp(piecergb, 0, 255) 的输出），但我收到了Error in (function (classes, fdef, mtable): unable to find an inherited method for function ‘plotRGB’ for signature ‘"RasterLayer"’ 的消息，所以我认为它对rayshader 管道不起作用，即使我可以使用内存问题！如果您在这方面有任何其他想法，我很乐意知道，但您的帮助已经足以回答我发布的问题！
plotRGB 需要三层（R、G、B，在 RasterStack 或 RasterBrick 中）。显然piecergb 只有一个（它是一个 RasterLayer）。 clamp 不影响这一点。