在 R 中生成热图（无法分配矢量警告）

【问题标题】：generate heatmap in R ( cannot allocate vector warning)在 R 中生成热图（无法分配矢量警告）
【发布时间】：2015-08-29 14:49:00
【问题描述】：

所以我正在尝试在 R 中生成热图以进行基因表达分析... 我在 C 语言中有 536 GB 的内存，但是当我尝试制作热图时，它会显示此消息。

错误：无法分配大小为 11.1 Gb 的向量 另外：警告信息： 1：在 distfun(x) 中： 已达到 3544Mb 的总分配：请参阅 help(memory.size)

我该如何解决这个问题，任何人？我在 Windows 操作系统中运行 R，64 位

【问题讨论】：

标签： r heatmap regular-language


【解决方案1】：

我知道 R 有内存限制，如 here 所示，但看起来您可以使用 memory.limit() 覆盖它

【讨论】：

  • 我在 R 中输入了 memory.size()，它显示 [1] 308.71.. 这是什么意思？？
  • 我输入了错误的命令，并在不久之后对其进行了编辑。你得到的结果是：数字。如果 NA 报告内存限制，否则请求新的限制，以 Mb 为单位。在 32 位 R 版本上只允许使用高达 4095 的值，但请参阅“详细信息”。所以308MB。您需要使用 memory.limit(size=12200)。那是 11.1GB + 一些额外的空间。我以前从未使用过它，但我相信应该可以。您可能还想查看@jeremycg 在评论中发布的链接。它比我的解释更彻底。
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