运行外部 R 脚本 n 次并将输出保存在数据框中答案

【问题标题】：Run external R script n times and save outputs in a data frame运行外部 R 脚本 n 次并将输出保存在数据框中
【发布时间】：2015-05-01 19:14:53
【问题描述】：

我有一个数百行的 R 脚本，包括几个随机化函数。每次运行它都会得到不同的结果。

我正在考虑对我的模型进行敏感性分析，我有兴趣将我的脚本运行数百次并比较结果。

经过一番研究，我发现lapply 和knitr 的组合可能是一个可能的解决方案：

result <- c("B:/Documents/result.R")
resultsList <- lapply(1:100, function(n) knit(input=result, NULL))

不幸的是，这不起作用。谁能解释一下为什么？

非常感谢！

更新

脚本如下所示：

#Records
dataID = c(01, 03, 05) 
localityNumber = c(2000, 4000, 5000) 
records = data.frame(dataID, localityNumber)

#Locality number / Postcode conversion table
localityNumber = c(2000, 2000, 2000, 4000, 5000)
postCode = c(6766, 6767, 6768, 7041, 8046) 
allocationTable = data.frame(localityNumber,postCode)

rm(dataID, localityNumber, postCode)

#Create random postcode id
count <- aggregate(allocationTable, by=list(allocationTable$localityNumber), FUN=length)
names(count) <- c("localityNumber", "count", "count.2")
allocationTable <- join(x=allocationTable, y=count)

#Test with for localityNumber with three postcodes
allocationThree <- allocationTable[which (allocationTable$count == "3"),]
testThree <- nrow(allocationThree) / 3
repThree <- rep(1:3, testThree)
allocationThree$id <- repThree
allocationThree$count <- allocationThree$count.2 <- NULL
rm(count, rep, testThree)

records$id <- repThree

#Randomly allocate
records <- join(records, allocationThree)

我想多次重复此脚本并将records data.frame 的值存储在一个列表中。

【问题讨论】：

lapply(1:100, function(n)source("B:/Documents/result.R")) 不好？
嗨，Khashaa，感谢您的意见。我尝试了source 方法：lapply(1:100, function(n) source(result))，但我得到了一个包含 100 次重复的 2 个参数（value 和 visible）的列表。我认为这是正确的方向，但我想得到一个包含脚本输出结果的列表，而不是简单地运行它。
你的脚本是什么样子的？
@Gion Mors 如果你能提供你的函数或名称的伪代码，或者关于你的函数等的简要信息，那就太好了
呃...棘手的问题！该脚本为一组记录随机分配邮政编码。输出是带有记录 ID 和分配的邮政编码的数据帧。由于脚本随机分配，每次我运行它时，邮政编码变量的值都会改变。希望我回答了你的问题！

标签： r knitr

【解决方案1】：

尝试添加records 添加脚本的末尾，以便它输出records 数据帧。

然后你可以运行：

result_list<-lapply(1:100, function(n)source("your_script.R"))

如果你想rbind所有数据框，你可以这样做：

do.call(cbind,lapply(result_list,function(x) x$value))

【讨论】：

太好了！谢谢！你让我的星期天！

【解决方案2】：

另一种选择是将脚本包装成一个函数，方法是：

my_function <- function() {

在顶部和

在底部。

这样，您可以source 一次，然后使用 plyr 包中的ldply：

results <- rdply(100, myFunction())

如果您想要一个列来标识哪个迭代，您可以使用：

results <- ldply(1:100, function(i) data.frame(iteration = i, myFunction())

【讨论】：

【解决方案3】：

你可以试试下面的命令；请注意，您可以将时间更改为您想要的任何数字

repeatedfunction <- c(mapply(list, FUN=**the name of your function** (args),times=100 ))

【讨论】：

嗨尼莫！谢谢！我肯定会使用lapply 或mapply 来解决我的问题的循环部分。问题是如何在函数中包含脚本输出。这不起作用：repeatedfunction <- c(mapply(list, FUN=source(result),times=100 )).
@Gion Mors 你得到什么错误？如果没有错误，重复的函数是什么样子的？
@Gion Mors 这个帮助复制(100, the_name_of_your_function(agrs), simple="matrix") args 是你的函数的数据输入。在你的函数中，你有什么回报吗？如果是这样，你能告诉我你返回了什么吗？
这是错误：Error in match.fun(FUN) : 'source(inputTest)' is not a function, a charter chain or a symbol