编织到 HTML 时找不到本地函数

Question

我看到有人问了与此类似的问题，但没有确定的答案...我正在尝试将 rmd 文件编织到 html 并使用我在 .R 文件中编写的函数。我收到一条错误消息，提示找不到函数等。

另外请注意，当我运行调用该函数的代码块时，它可以工作。只是编织时出错。

Answer 1

这是因为您使用Rstudio 中的 knit 按钮创建一个新会话然后执行 rmarkdown::render，为了使用本地定义的函数，您必须从控制台调用 rmarkdown::render。

注意：这将阻塞控制台，直到 .Rmd 文件被渲染。

my.envir <- new.env(parent=baseenv())
local({
  f <- function() { ... }
  #...
}, my.envir)
# OR source your file directly into my.envir
source("ur.file.R", local = my.envir)
rmarkdown::render(input, # path to the .Rmd file
   output_format = "html_document", # output type if not set it'll use the first one found in the yaml header
   output_file = NULL, # name of the output file by default it will be the 
       # name of the .Rmd with the extension changed
   clean = TRUE,  # set to FALSE if you want to keep intermediary files
   envir = my.envir, # this where the magic happens
       # if you don't want to modify the global env you can create your own environment and add the function to it
   quiet = FALSE # set to TRUE if you want to suppress the output
)

编辑@KonardRudolph 的 cmets：

最好将您的文件source 放入 rmd 本身，因为 Rmarkdown 的主要目标是可重复研究。

```{r setup, include=FALSE}
.
.
.
source("path/to/file.R")
```