编织到html时出错找不到\"%>%\"？答案

【问题标题】：Error cannot find "%>%" when knitting to html?编织到html时出错找不到\"%>%\"？
【发布时间】：2022-10-24 16:15:21
【问题描述】：

抱歉，我是 R 的初学者：

它在 R-markdown 中运行，但是当我想将它编织成 html 时，它给出了这个：

pdb %>% 过滤器中的错误（人类，canonical_marker... 找不到函数“%>%”调用 ...withVisible -> eval_with_user_handlers -> eval -> eval 执行停止

这里的代码：

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

# Install packages
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) {
  install.packages("devtools")
}
if (!requireNamespace("Seurat", quietly = TRUE)) {
  install.packages("Seurat")
}
if (!requireNamespace("OmnipathR", quietly = TRUE)) {
  devtools::install_github("saezlab/OmnipathR")
}
if (!requireNamespace("decoupleR", quietly = TRUE)) {
  devtools::install_github("saezlab/decoupleR")
}
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) {
  install.packages("dplyr")
}
  
if (!requireNamespace("tibble", quietly = TRUE)) {
  install.packages("tibble")
}
if (!requireNamespace("tidyr", quietly = TRUE)) {
  install.packages("tidyr")
}
if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) {
  install.packages("ggplot2")
}
if (!requireNamespace("pheatmap", quietly = TRUE)) {
  install.packages("pheatmap")
}
if (!requireNamespace("patchwork", quietly = TRUE)) {
  install.packages("patchwork")
}
if (!requireNamespace("ggrepel", quietly = TRUE)) {
  install.packages("ggrepel")
}

# Load dependencies
library (devtools)
library(OmnipathR)
library(Seurat)
library(decoupleR)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(tibble)
library(ggplot2)
library(pheatmap)
library(patchwork)
library(ggrepel)

data <- readRDS('~/data.rds')
data

# Get resource from OmniPath
pdb <- decoupleR::get_resource(name='PanglaoDB')
pdb

pdb <- pdb %>% 
  filter(human, canonical_marker, organ == 'Immune system') %>% 
  distinct(cell_type, genesymbol)

pdb

【问题讨论】：

标签： html filter knitr pdb

【解决方案1】：

这有点晚了，但我想我会留下一个答案。

我运行了您的确切代码，它正确执行，没有错误。也许尝试重新安装“magrittr”包。

顺便说一句，您是否仅在编织降价时才收到此错误？

【讨论】：