【问题标题】:Can't install mpi4py with OpenMPI: Cannot compile MPI programs无法使用 OpenMPI 安装 mpi4py:无法编译 MPI 程序
【发布时间】:2017-10-07 17:49:42
【问题描述】:

这是我的第一篇文章,如果我的风格有误,请见谅!

我一直在尝试使用 python 3.6 在 Ubuntu 16.04 上安装 mpi4py(因为 SU2 需要它进行并行处理)。我下载了mpi4py 并尝试从源代码构建,因为我想使用我配置的 OpenMPI 库,并尝试了以下操作:

sudo python setup.py build --mpicc=/opt/openmpi/openmpi-2.1.0/bin/mpicc

但是,它最终失败并显示“错误:无法链接 MPI 程序。检查您的配置!!!”

查看 SU2 和 mpi4py 文档,他们建议改用 pip。我也试过这个:

sudo pip install mpi4py

env MPICC=/opt/openmpi/openmpi-2.1.0/bin/mpicc pip install mpi4py,但他们也给出了同样的错误。

我已经保存了这两个输出 - 请参阅attachments 的链接。它似乎从我的 NVIDIA CUDA 安装中提取了很多文件,但我不确定为什么。

我是编译程序的初学者,所以如果有人能对此有所了解,我将不胜感激?谢谢。

【问题讨论】:

  • 我找到了一个类似的post,这可能是你自己问的。看来你取得了一些进展。如果您找到了解决方案,请更新此帖子。
  • 试一试it work for me

标签: python ubuntu openmpi mpi4py


【解决方案1】:

对于其他正在为这个问题苦苦挣扎的人来说,这是多种因素造成的。主要是,mpi4py 没有正确构建,因为我的 MPI (openMPI) 实现没有正确构建。在现有的超级计算机和全新的 Linux 安装上构建程序有许多不同的因素。

我可以推荐的一些故障排除技巧是:

  1. 确保使用unset清除安装不必要的所有环境变量

  2. 使用module unload卸载任何可能干扰安装的模块。在已经加载了其他几台的超级计算机上构建自己的 MPI 实现时尤其如此。

  3. 检查您的$PATH 变量以查找可能污染您的安装的任何位置(不要忘记顺序很重要)!您可能需要临时设置一个更简洁的 PATH 变量,以确保构建选择正确的库。

希望这会有所帮助。

【讨论】:

    【解决方案2】:

    虽然它是一个旧帖子,但我会发布我的答案可能会帮助其他人。

    我通过以下命令解决了这个问题:

    sudo apt install libopenmpi-dev
     
    pip install mpi4py` 
    

    【讨论】:

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