如何打开遇到错误的矩阵答案

【问题标题】：How to open up a matrix that's running into an error如何打开遇到错误的矩阵
【发布时间】：2016-02-16 21:43:36
【问题描述】：

我在 R 中的一项大工作中遇到了错误。我将它作为 R 脚本运行。我不断收到Error in chol.default(F.mat) : the leading minor of order 1 is not positive definite 的错误。

我通常在 qsub 中运行我的工作，但这只会给我一个错误输出，但我无法四处寻找。然后我尝试在本地运行我的工作，但我的 4gb Macbook 完全不堪重负。

现在我正在尝试使用screen name 并在带有options(error=recover) 的屏幕上运行它。现在我遇到了与上面相同的错误，但我不知道如何访问数据帧。我得到recover called non-interactively; frames dumped, use debugger() to view，但后来我进入了我的bash 行，我不知道如何打开数据框。

有什么想法吗？

【问题讨论】：

我认为您可以接受 Ben 的回答，因为它很棒。

标签： r debugging error-handling

【解决方案1】：

这有点尴尬，因为 (1) 它或多或少是远程调试，并且 (2) 我实际上从未尝试过自己进行非交互式调试，但是：似乎 options(error=function() dump.frames(to.file=TRUE)) 可能值得一试？

将帧转储到文件后（默认情况下，last.dump.rda 在工作目录中），您应该能够运行 load("last.dump.rda"); debugger(last.dump) 以返回调试环境。

两个警告：

我没有实际测试过，只是阅读和解释?dump.frames;
我强烈建议您通过简短的测试运行对此进行测试，或者在一小部分数据上运行您的原始代码，或者设置类似的小型测试脚本

 options(error=function() dump.frames(to.file=TRUE))
 Sys.sleep(60)
 stop("testing error exit")

【讨论】：