【问题标题】：Encountered R shiny error: non-numeric matrix extent遇到 R 闪亮错误：非数字矩阵范围
【发布时间】：2019-07-18 20:12:23
【问题描述】：

我写了一个 Rshiny 应用程序。在这里，用户输入一个基因列表，应用程序会从中创建一个生物网络。示例输入如下所示。该代码在shinyapp 中作为R 脚本运行。输入是文本而不是数字。

在 SO here 上研究了类似的问题，但没有多大用处，我的输入是文本。

非常感谢任何帮助。

library(shiny)
library(shinydashboard)
library(STRINGdb)

sidebar <- dashboardSidebar(
sidebarMenu(
menuItem("Analysis", tabName = "analysis")
))

body <- dashboardBody(
tabItems(
# Text Area Input for gene list
tabItem(tabName = "analysis", 
        fluidRow(
          box(
            title = "Input gene list here", status = "warning", width 
            = 6, textAreaInput("title1","",value = "", width = 
            '100%',rows=5),
            actionButton("submit", "Submit")
          )
        ),
        fluidRow(
          box(
            title = "Stirng DB network", status = "warning", width = 8, plotOutput("stringplot")
          )
        )
)))

# User interface --
ui <- dashboardPage(
dashboardHeader(title = "Analysis", titleWidth = 300),
sidebar,
body
)

# Server logic
server <- function(input, output) {
subset_dataset <- eventReactive(input$submit, 
{data.frame(strsplit(input$title1,split='[\r\n]'),col.names='genes')})
output$stringplot <- renderPlot({
string_db <- STRINGdb$new()
mapped_genes <- string_db$map(subset_dataset,subset_dataset()$genes,removeUnmappedRows = TRUE)
hits_2<-mapped_genes$STRING_id
string_db$plot_network(hits_2)})
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

示例输入为：

BRAF
NF1
NRAS
ERBB3
FLT3
PIK3CA
PTEN
TP53
CTNNB1
APC
SMAD4
NCOR1

【问题讨论】：

标签： r shiny shinydashboard

【解决方案1】：

如果您将browser() 插入您的eventReactive，您可以检查您的data.frame 是否如下所示：

# c..BRAF....NF1....NRAS....ERBB3....FLT3....PIK3CA....PTEN....TP53... col.names
# 1                                                                  BRAF     genes
# 2                                                                   NF1     genes
# 3                                                                  NRAS     genes
# ...

您可以改用以下表达式来解决此问题：data.frame(genes = unlist(strsplit(input$title1,split='[\r\n]')))

结果data.frame：

# genes
# 1    BRAF
# 2     NF1
# 3    NRAS
# ...

我不熟悉这个包，但在我看来传递给string_db$map 的参数不正确：

第一个参数：data.frame。在 Shiny 中传递 reactive 或 eventReactive 时，应包含括号（例如：subset_dataset()）
第二个参数：使用字符串：（例如："genes"）

这对我有用： mapped_genes <- string_db$map(subset_dataset(), "genes",removeUnmappedRows = TRUE)

输出：

奖励：我会在renderPlot 的第一行添加req(subset_dataset()) 以避免在数据为null 时呈现

【讨论】：