整理 Igraph 图

Question

给定以下两个用于绘图构造的向量，分别是边之一和权重之一：

edg <- c("ES1-3", "ES4-6", "ES4-6", "ES6-8", "ES6-8", "ES7-9", "ES7-9", 
"ES10-12", "ES10-12", "ES13-15", "ES13-15", "ES16-18", "ES16-18", 
"ES19-21", "ES19-21", "ES22-24", "ES22-24", "ES25-27", "ES25-27", 
"ES28-30", "ES28-30", "ES31-33", "ES31-33", "ES34-36", "ES34-36", 
"ES37-38", "ES13-15", "SA1-3", "SA1-3", "SA4-6", "SA4-6", "SA7-9", 
"SA7-9", "SA10-12", "SA10-12", "SA13-15", "SA13-15", "SA16-18", 
"SA16-18", "SA19-21", "SA19-21", "SA22-25")

使用上述向量绘制代码：

g1 <- make_graph(edges=edg)

还有权重向量：

E(g1)$weight = c(0.0051, 0.0022, 0.0152, 0.0257, 0.0039, 0.0109, 0.012, 
0.0275, 0.0108, 0.029, 0.0061, 0.0134, 0.0205, 0.0129, 0.0081, 0.0035, 
0.02, 0.0094, 0.0095, 0.0161, 0.0199)

现在请看一下我用下面的代码得到的图：

 plot(g1,
 edge.label = E(g1)$weight,
 edge.arrow.size=.4,
 vertex.color='orange',
 vertex.size=7, 
 vertex.frame.color="orange",
 vertex.label.color="black", 
 vertex.label.cex=0.8,
 vertex.label.dist=1.1,
 margin=-.2,
 vertex.shape='circle')

我在这个情节上有几个问题我无法正确解决：

1. 尽管为edge.arrow.size=.4 提供了一个常数，但边缘箭头的大小有不同的大小，即，有些箭头比其他箭头大，我希望它们都具有相同的大小。

2. 我想在“SA”的右分支（即“SA1-3”“SA4-6”等）上用不同的颜色进行颜色编码。我读到它与创建一个属性有关，就像我创建的权重向量一样，但无法正确计算出来。

3. 我想要一个更整洁的图表，即不重叠的边缘标签与应该在箭头上方的数字。正如您在plot(g1,...) 代码中看到的那样，我尝试调整了几个参数，但没有一个参数给出了一个漂亮而整洁的图表。

4. 每次我在 R 上运行下面描述的 plot(g1,...) 代码时，我都会得到不同形状的图形。那就是分支大小发生了变化，例如，左侧的分支变成了右侧的分支，反之亦然。这是为什么 ？为什么igraph 在我每次运行代码而不修改任何内容时，总是为相同的代码提供不同的形状？？

Answer 1

正如@RuiBaradas 评论的那样，默认布局有一个随机元素。为了使布局可重复，您必须明确指定布局或使用set.seed(123) 之类的内容设置种子。但是，您的图表上有许多相互竞争的标签。几乎任何你随意做的事情都会有问题，所以我建议你做一个明确的布局。我将在下面展示。要更改顶点颜色，您只需要指定颜色向量而不是单个常量。这也显示在下面。我还调整了vertex.label.dist 和vertex.label.degree 来控制标签相对于节点的位置。我没有看到您使用不同箭头大小的问题。

使用您的数据：

## First make a color map 
ColMap = rep("orange", vcount(g1))
ColMap[grep("^SA", V(g1)$name)] = "red"

## Create an explicit layout of the vertices 
## that will separate the labels
LO = matrix(0, nrow=22, ncol=2)
LO[1:5,1]   = 5:1
LO[7:14,1]  = (1:8)/1.7
LO[15:22,1] = (1:8)/1.7
LO[7:14,2]  = -(1:8)
LO[15:22,2] = 2:9


plot(g1, layout=LO,
  edge.label = E(g1)$weight,
  edge.label.cex = 0.8,
  edge.arrow.size=.4,
  vertex.color=ColMap,
  vertex.size=7, 
  vertex.frame.color="orange",
  vertex.label.color="black", 
  vertex.label.cex=0.8,
  vertex.label.dist=c(rep(1.2,5), rep(2.2,17)),
  vertex.label.degree = c(rep(-pi/2, 5), pi, rep(-0.1,8), rep(0.1,8)),
  margin=-.2,
  vertex.shape='circle')

考虑到您尝试将多少内容打包到此图表中，这看起来并不算太糟糕。至少，您可以阅读所有内容。如果您不喜欢该形状，可以调整布局以将物品放置在您想要的位置。