命令行中的 R 脚本答案

【问题标题】：R script from command line命令行中的 R 脚本
【发布时间】：2013-06-24 17:39:02
【问题描述】：

我想从 Windows 命令行运行这个示例脚本：http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=912。所以我打开命令行并输入Rscript tryCatch.R 1。但是，我不断收到错误消息Error: R not found。我确实将 PATH 环境变量设置为C:\Programme\R\R-3.0.1\bin。如果我只输入R.exe，它会启动R，但它找不到要在启动时加载的包（例如package 'utils' in options<"defaultPackages"> was not found）。我想我必须在某个地方设置另一个通往图书馆的路径，但我不知道在哪里执行此操作。

更新：在明确输入 PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin（而不是仅仅将其添加到环境变量 PATH 的值）之后，似乎找到了 R。但是，出现了一个新问题：In normalizePath<path.expand(path), winslash, mustWork>: path[2] = "C:/Programme/R/R-3.0.1/library": Access denied，与methods 库相同。然后：Calls: .First ... library -> .getRequiredPackages2 -> library -> normalizePath Execution stopped。我使用的是 Windows 7，并且拥有管理员权限。

【问题讨论】：

尝试使用R CMD BATCH tryCatch.R 1。您可能必须更改脚本以接受命令行参数（如果是这样，我将发布完整的答案，但我很想知道这是否首先有效）
@SimonO101 感谢您的建议，但不幸的是我收到了相同的错误消息 (Error: R not found)。
你可能想看看batchfiles.googlecode.com。看看R.bat。例如R.bat script myscript.R，它是自动的，但需要一个合理的标准安装或 RPathSet.bat 替代方案，它是一个灵活的批处理文件，您可以在其中编辑变量，然后在运行 R 之前运行它来设置您的环境变量。它附带了一个 pdf 文件。
@G.Grothendieck 感谢您的建议，我会看看这个！

标签： r command-line

【解决方案1】：

我在windows 7下遇到了这个问题，显然，设置环境变量时>用户变量路径没有添加到PATH中，所以用户必须在系统变量中添加这个路径> PATH 最后只需添加 .EXE 文件的路径即可。

【讨论】：

【解决方案2】：

我发现这是 Windows 7 上特定于语言的问题，类似于此处描述的问题：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-May/276932.html

将PATH 更改为C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin 后，脚本会从命令提示符正确执行。

感谢所有试图提供帮助的人！

【讨论】：

谢谢！需要注意的是，我们将 PATH 变量指向 \bin 文件夹，而不是直接定位 .exe 文件

【解决方案3】：

Rscript 非常好用（R CMD BATCH 是老办法）特别是在 windows 下，但一般在我创建一个批处理文件以避免所有路径的头痛。

例如说launcher.bat：

@echo off
C:
PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin;%path%
cd PATH_TO_YOUR_RSCRIPT
Rscript tryCatch.R 1
pause

然后打开一个控制台（使用 cmd），转到您存储 launcher.bat 的位置并启动它。或者从 R cosnole 使用shell:

shell('path_to_launcher\launcher.bat')

【讨论】：

感谢您的建议，这是个好主意。根据您的启动器文件的内容，我尝试明确定义PATH，这使我向前迈出了一步，但仍然无法正常工作。一旦我解决了这个问题，我会尝试运行批处理文件。
@AnjaM 我不明白你为什么要明确定义PATH？你有什么错误。
我已经更新了我原来的问题并在那里描述了新的错误。通过显式定义 PATH 我的意思是在输入 Rscript tryCatch.R 1 之前在命令行中真正写 PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin （在启动器文件中执行此操作的方式）。之前我只是在Windows中添加PATH环境变量的路径，觉得这样就够了。
首先尝试使用 source 从 R 执行脚本。一旦你得到它的工作，该方法应该工作。
太棒了！非常感谢您的分享