使用 bash 脚本运行 R 命令

Question

我有以下命令，用于在 R 中绘制绘图。主文本文件是 cross_correlation.csv。

如何将它放入 bash 脚本中，这样当我在终端上启动它时，R 命令将执行它们的工作并完成（就像所有其他 shell 脚本一样）。

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)
dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

Answer 1

如果你安装了 R，你还应该安装程序 Rscript，它可以用来运行 R 脚本：

Rscript myscript.r

所以你可以把这一行放在 bash 脚本中：

#!/bin/bash

Rscript myscript1.r
Rscript myscript2.r
# other bash commands

这通常是在 bash 脚本中运行 R 脚本的最简单方法。

如果您想让脚本可执行以便可以通过键入./myscript.r 来运行它，您需要通过键入以下内容来找出您的Rscript 的安装位置：

which Rscript
# /usr/bin/Rscript

那么您的myscript.r 将如下所示

#!/usr/bin/Rscript

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)

dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

这个方法在this question中有解释，或许也能给你一些思路。