使用 Anaconda 安装 Scran 包时出错答案

【问题标题】：Error installing Scran package using Anaconda使用 Anaconda 安装 Scran 包时出错
【发布时间】：2023-03-15 23:44:01
【问题描述】：

所以我尝试安装 Scran，使用 conda install -c bioconda bioconductor-scran 然后得到如下错误：

收集包元数据（current_repodata.json）：完成`Solving 环境：初始冻结解决失败。灵活重试解决。解决环境：repodata 失败 current_repodata.json，将使用下一个 repodata 源重试。收集包元数据（repodata.json）：完成

求解环境：初始冻结求解失败。重试灵活解决。解决环境：\发现冲突！寻找不兼容的软件包。这可能需要几分钟。按 CTRL-C 到中止。失败

UnsatisfiableError: 以下规格被发现是互不相容：

输出格式：请求的包 -> 可用版本

包 zlib 冲突：bioconductor-scran -> r-base[version='>=3.6, zlib[version='>=1.2.11, zlib[版本='>=1.2.11,

包 ncurses 冲突：python=3.8 -> ncurses[版本='>=6.1,=6.2, readline[版本='>=7.0, ncurses[版本='6.0.*|>=6.0,

包 libgcc-ng 冲突：python=3.8 -> openssl[版本='>=1.1.1k, libgcc-ng[版本='>=7.2.0|>=9.3.0'] python=3.8 -> libgcc-ng[版本='>=7.3.0|>=7.5.0']

包 libstdcxx-ng 冲突：python=3.8 -> libffi[版本='>=3.2.1, libstdcxx-ng[版本='>=7.2.0'] python=3.8 -> libstdcxx-ng[版本='>=7.3.0']以下发现规格与您的系统不兼容：

feature:/linux-64::__glibc==2.31=0

bioconductor-scran -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']

python=3.8 -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']

你安装的版本是：2.31`

我尝试了很多方法，但没有奏效。我仍然不知道如何解决。有人可以帮我一个忙吗？

【问题讨论】：

标签： python ubuntu conda anaconda3

【解决方案1】：

避免在同一环境中混合使用 Python 和 R。此外，Bioconda 假定以下渠道优先级：

conda-forge > bioconda > defaults

尝试为您的 Bioconductor 工作创建一个专门的环境，并确保将 r-base 置顶：

bioc_r41.yaml

name: bioc_r41
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - r-base=4.1
  - bioconductor-scran

创建环境：

conda env create -n bioc_r41 -f bioc_r41.yaml

或者，可以使用 ad hoc 命令来实现这一点，但它相当冗长：

conda create -n bioc_r41 -c conda-forge -c bioconda -c defaults r-base=4.1 bioconductor-scran

【讨论】：