【问题标题】:reading tab-delimited data without header in pandas在熊猫中读取没有标题的制表符分隔数据
【发布时间】:2014-08-26 06:24:46
【问题描述】:

我无法使用pandas 打开没有标题的制表符分隔数据。

我的测试数据(实际包含 200 行,我展示的是前 10 行):

Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10006   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10012   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10018   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10024   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10030   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10036   0   36M 36
Tag19184    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10042   0   36M 36
Tag20198    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10048   0   36M 36
Tag20198    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10054   0   36M 36
Tag45093    CTAAC   hffef   1   a   36  -   chr1    10060   0   36M 36

我的代码:

import pandas as pd
df = pd.read_csv('in_test.txt',sep='\t',header=None)
print df

但是,我得到以下输出,我认为我不能用它来进一步处理数据 (?):

<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
Int64Index: 200 entries, 0 to 199
Data columns:
X.1     200  non-null values
X.2     200  non-null values
X.3     200  non-null values
X.4     200  non-null values
X.5     200  non-null values
X.6     200  non-null values
X.7     200  non-null values
X.8     200  non-null values
X.9     200  non-null values
X.10    200  non-null values
X.11    200  non-null values
X.12    200  non-null values
dtypes: int64(5), object(7)

tutorial here 建议print df 应该只给我相应的数据框。我做错了什么?

【问题讨论】:

    标签: python pandas dataframe csv


    【解决方案1】:

    我认为您的阅读正确,但是:

    1. 参见:change pandas 0.13.0 "print dataframe" to print dataframe like in earlier versions,这是 pandas 在旧版本中所做的。所以,更新会解决它。
    2. 您可以使用ipython notebook,其中DataFrames 将显示为HTML 表格。
    3. 您可以使用df.head(5)(类似于rhead)获取前几行,以确保您的DataFrame 正确。

    【讨论】:

    • 再次感谢。我得到了同样的总结,这次是5 而不是200 ^-^);;;让我再试试
    • 你必须使用早期版本,请参阅此帖子:stackoverflow.com/questions/21482546/…
    • 我尝试了两个stackoverflow链接,但它总是给我一个AttributeError: 'module' object has no attribute 'options'has no attribute set_option类型的错误。我使用apt-get install 安装了python-pandas,我刚刚想到,只安装了一个非常非常旧的版本:pandas.__version__ = 0.7.0。在我弄清楚如何更新它后,我会回到你的帖子。 :)
    • :P,那是古老的!我们现在在0.14.0。如果您在依赖和其他方面遇到问题,请尝试 ananconda python 分发。
    • Hmm.. 甚至可以在非 GUI、基于命令行的 Ubuntu 机器上使用 ipythonanaconda python 吗?我无法安装正确版本的openpyxl
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