集成 pyenv virtualenv conda 和 ASE 的最佳实践答案

【问题标题】：Best practice integrating pyenv virtualenv conda and ASE集成 pyenv virtualenv conda 和 ASE 的最佳实践
【发布时间】：2021-02-09 21:26:05
【问题描述】：

我正在使用带有 Linux 的桌面（特别是 Pop_OS！20.04，类似于 ubuntu）。

我需要运行 ASE，这是用于原子模拟的 python 包。这可以通过多种方式安装（apt、pip、conda）。出于我的目的，我需要使用 conda 安装它（尽可能与社区保持一致）。由于我不喜欢 conda 在 bash 中的集成方式，所以我决定使用 pyenv 作为虚拟环境管理器。

据此在另一个stackoverflow问题上回答1，最好不要通过pyenv安装conda。所以在我简单的头脑中，我首先尝试了这个（案例 A）：

我用 pyenv 创建了一个虚拟环境；
我使用正确的script 安装 conda，现在使用 pyenv
在环境中并使用 conda 我安装 ASE

$ pyenv virtualenv 3.9.0 caseA
(caseA) $ which python  
/home/fex/.pyenv/shims/python
(caseA) $ python -V
Python 3.9.0
(caseA) $ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
# I did not include anaconda in the bashrc
# To activate conda eval "$(/home/user/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_SHELL_NAME hook)" or "source <path to conda>/bin/activate"
# conda init
(baseA) $ source /home/fex/anaconda3/bin/activate
(base) (caseA) $

这种双重环境很有趣，我认为它不应该发生。但是我无法使用 conda 安装 ASE。于是我给了conda init：

(base)(caseA) $ conda init
(base)(caseA) $ source ~/.bashrc
(base) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase
(base) $ ase test
...
fio/oi.py: TypeError: Object does not appear to be a file-like object
========== Summary ==========
Number of tests   363
Passes:           260
Failures:           0
Errors:             1
Skipped:          102
=============================
Test suite failed!
Time elapsed: 42.3 s

据我了解，这种方法有效，但绕过 pyenv，我最终只使用了一个 conda 环境，这不是我想要的。

案例 B：这不是关键。创建环境后，我尝试使用 pyenv 安装 conda，但无法在 pyenv 环境中使用它。

案例 C：我通过以下方式解决问题：

使用 pyenv 安装 conda
创建一个依赖 conda 而不是特定版本的 python 的 pyenv 虚拟环境

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv

这对我有用，但我使用的是 conda 中包含的 python。这不是问题，但由于我没有完全掌握这里的全部技术性，所以我想分享我的疑问。

我在这里写的另一个原因是 ASE 是 DFT（密度泛函理论）领域非常流行的标准，目前它是化学/物理领域的most cited topic 之一。然而，手册和指南的编写跟不上python的快节奏。

额外信息

$ pyenv versions
  system
  2.7.18
* 3.9.0 (set by PYENV_VERSION environment variable)
  3.9.0/envs/caseA
  3.9.0/envs/caseB
  3.9.0/envs/coppie
  3.9.0/envs/foo
  caseA
  caseB
  ccase
  coppie
  foo
  miniconda3-latest
  miniconda3-latest/envs/ccase # I created this with pyenv virtualenv miniconda3-latest ccase ccase stands for case C
$ pyenv -v
pyenv 1.2.21
$ which python
/home/fex/.pyenv/shims/python
$ python -V
Python 3.9.0
 pyenv activate ccase
pyenv-virtualenv: prompt changing will be removed from future release. configure `export PYENV_VIRTUALENV_DISABLE_PROMPT=1' to simulate the behavior.
(ccase) $ pip install pytest
(ccase) $ ase test
[...]
====================================================================== 1290 passed, 233 skipped, 1 xfailed, 5 warnings in 193.06s (0:03:13)

【问题讨论】：

这看起来非常复杂和脆弱，为什么不直接使用 Conda 呢？
这很好。主要是因为我不喜欢它与我的 bash 交互的方式（这也可以归咎于我的技术技能），并且因为在 anaconda 之外的应用程序中使用环境管理器似乎更合适。
我不喜欢它与我的 bash 交互的方式 你能详细说明一下吗？ 为 anaconda 之外的应用程序设置一个环境管理器似乎更合适 你是什么意思？
我必须预见到一个方面。我使用 FORTRAN 编写的软件进行研究，以通过 HPC 进行分布式计算。具体来说，我什至不接触该代码，而且我根本不关心代码，因为我处理此类代码的结果，就我而言，这可能是 rand 函数的结果。 1. 由于我对 conda 的工作原理在很多方面都不是专家，因此在过去，我的 bashrc 完全被 conda 搞砸了（我的错）。这包括减慢终端上的任何登录速度。 2.有些包是conda没有的，需要在外面使用
我知道这些都是借口，但我在一个领域工作，其中许多程序都是用既不维护也不更新的旧代码完成的（例如，用于混合器的 python 接口将原子坐标导入为 3D 对象） . 3. 基本上，我的一个在 IT 部门工作的朋友向我推荐了 pyenv，它工作得非常好，直到我需要 conda，正如我在最初的问题中解释的那样。最重要的是，现在他们要求我使用一点 Python，尽管没有给我工具或时间来学习和正确使用它。

标签： python python-3.x linux conda pyenv

【解决方案1】：

在这个阶段，我设法用 conda 安装了 ASE。我在一个直接调用 miniconda 而不是 python 的 pyenv 环境中做到了这一点。

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv
$ pyenv activate fooend
 (fooenv) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase # This installs ASE 
 (fooenv) $ pip install pytest # In this version of ase `ase test` does not work
 (fooenv) $ ase test # This test is longer and more complete that the once achieve with conda without pyenv

【讨论】：