跳过循环中的偶尔错误

Question

我知道“for 循环中的跳过错误”已被多次回答（请参阅How to skip an error in a loop 或Skip Error and Continue Function in R）。但是对于新手来说，所有答案都很复杂，很难应用于不同的情况。

我正在使用一段代码对 100 个数据集执行高斯直方图拟合。

results = list()
for(i in 1:length(T_files)){
  R = Table[i][,1]
  tab = data.frame(x = seq_along(R), r = R)
  res = nls(R ~ k*exp(-1/2*(x-mu)^2/sigma^2), start=c(mu=15,sigma=5, k=1) , data = tab)
  v = summary(res)$parameters[,"Estimate"]
  fun = function(x) v[3]*exp(-1/2*(x-v[1])^2/v[2]^2) 
  results[[i]] = fun(seq(0, 308, 1))/max(fun_SP(seq(0, 308, 1)))/2
}

在对每个人进行测试时，该代码适用于大多数数据集。但是，循环不会并显示“nls(...) 中的错误：奇异梯度”消息。我想跳过这条消息并继续下一个数据集。

我知道可以使用tryCatch 函数，但是包含nls 函数的行很复杂，我还没有找到在该行中正确使用tryCatch 的方法。欢迎任何建议:-)

Answer 1

使用函数try，它可以让你保存错误，然后输入条件if(error==T)，然后“传递到下一个df”。像这样的：

error<-try(your code...)
if(class(error)!="try-error"){pass to the next one}

在你的情况下，也许必须是：

results = list()
for(i in 1:length(T_files)){
  R = Table[i][,1]
  tab = data.frame(x = seq_along(R), r = R)
  error = try(res <- nls(R ~ k*exp(-1/2*(x-mu)^2/sigma^2), start=c(mu=15,sigma=5, k=1) , data = tab))

    if(class(error)!="try-error"){
      v = summary(res)$parameters[,"Estimate"]
      fun = function(x) v[3]*exp(-1/2*(x-v[1])^2/v[2]^2) 
      results[[i]] = fun(seq(0, 308, 1))/max(fun_SP(seq(0, 308, 1)))/2
    }else{
      pass to next data frame (or something like that)
         }
}