在 R 的 lme 循环中跳过错误警告答案

【问题标题】：Skipping over an error warning in an lme loop in R在 R 的 lme 循环中跳过错误警告
【发布时间】：2023-03-08 23:44:02
【问题描述】：

我正在尝试自动化我的 R 脚本以执行包含大量分析的循环，目前我已经搁浅了让它在失败的 CI 测试期间给我一个警告并继续执行下一个响应变量。我已经分别尝试过“tryCatch”和“try”。有人可以告诉我我做错了什么以及如何修改它吗？这可能是愚蠢的，但我花了数周时间试图解决它。如果我概括下面的代码会让人感到困惑，所以我将其保留为原始形式。

这是我得到的，这里是相关的错误-

int <- try(intervals(tmpLme))
if (inherits(int, "try-error"))
    lme(tmp ~ I(log10(Body.mass..kg.)), random = ~1 | Species / CatNumber,
        data=felids, na.action=na.omit )

lower <- dim(int$fixed)[1] 
upper <- dim(int$fixed)[1] 
felidCIlower <- append(felidCIlower, int$fixed[,1],lower) 
felidCIupper <- append(felidCIupper, int$fixed[,3],upper)

这是我想跳过的错误，但请注意：

Error in intervals.lme(tmpLme) : 
  Cannot get confidence intervals on var-cov components: Non-positive
  definite approximate variance-covariance

这是我不想要的错误 - 它表明我试图跳过上述错误的尝试不起作用：

Error in int$fixed : $ operator is invalid for atomic vectors

然后就是这个尝试

int.model <- function(tmpLme)
int <- tryCatch(intervals(tmpLme), error=function(e) NULL )

-或-

int <- tryCatch(intervals(tmpLme),
                error=function(e) lme(tmp ~ I(log10(Body.mass..kg.)),
                                      random = ~1 | Species / CatNumber,
                                      data=felids,na.action=na.omit ))
lower <- dim(int$fixed)[1] 
upper <- dim(int$fixed)[1] 
felidCIlower <- append(felidCIlower, int$fixed[,1], lower) 
felidCIupper <- append(felidCIupper, int$fixed[,3], upper)  

Error in !after : invalid argument type

提前致谢！

【问题讨论】：

查看一些密切相关的问题here和here；另外，this 是我处理此类问题的方式。

标签： r

【解决方案1】：

第一段代码中的错误是，如果int 确实继承自类"try-error"，那么您适合但丢弃lme() 适合。您是否打算分配它，然后在其上调用 intervals() 并将其分配给 int 以便 int 无论如何都包含模型项间隔？

如果是这样，第一个代码块应该是：

int <- try(intervals(tmpLme))
if (inherits(int, "try-error")) {
    tmpLme2 <- lme(tmp ~ log10(Body.mass..kg.), random = ~1 | Species/CatNumber,
                   data=felids, na.action=na.omit)
    int <- intervals(tmpLme2)
}

另请注意，您不需要在公式中的 log10() 调用周围使用 I(....)。

【讨论】：

【解决方案2】：

在包plyr 中使用failwith() 怎么样？

library(plyr)
# Change the NULL to whatever you want to return in case of an error.
clean_interval <- failwith(NULL, intervals)
int <- clean_interval(tmpLme)

【讨论】：