Mac OS X R 错误“ld：警告：找不到选项的目录”

Question

我正在尝试从源代码安装 R 包，但出现错误：

* installing *source* package ‘mclust’ ...
** package ‘mclust’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclust.f -o mclust.o
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclustaddson.f -o mclustaddson.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o mclust.so mclust.o mclustaddson.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 -lgfortran -lquadmath -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lquadmath
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [mclust.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘mclust’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/mclust’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘mclust’ had non-zero exit status

我没有/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0，所以找不到它是有道理的。我有/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin11 和/usr/local/lib/gcc/4.8（到 Homebrew 安装的符号链接）。 x86_64-apple-darwin13.0.0 是从哪里得到的？

网上有很多类似错误的参考。不过都和Xcode编译有关，都是通过更新项目设置来解决的，这里不适用。

Answer 1

您需要修改~/.R/Makevars 文件。有关这方面的更多概述，请参阅：https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#OS-X-packages

另外，@kevin-ushey 在Rcpp warning: "directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'" 中已经更深入地回答了这个问题。

发生的情况是您的代码没有在gcc 下运行，而是被转发到clang

您需要将~/.R/Makevars/ 中的编译语句更改为gcc，使用：

VER=-5.3.0 
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/5.3.0/lib/gcc/5

这假设您已经通过 homebrew 安装了gcc：

brew install gcc

（gfortran 现在在 brew 中附带 gcc）

Answer 2

在 cmets 的额外帮助下结合以前的解决方案，以下解决方案在 Mac OS X High Sierra 上对我有用。

使用以下内容创建/编辑~/.R/Makevars：

VER=-8
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/8.2.0/lib/gcc/8

注意，我使用的是自制软件，并且安装了 gcc 版本 8.2.0。

Answer 3

从http://thecoatlessprofessor.com/programming/rcpp-rcpparmadillo-and-os-x-mavericks-lgfortran-and-lquadmath-error/，您可以通过从http://r.research.att.com/libs/ 下载可选的gfortran 库并解压缩它们来解决此问题。在命令行上执行此操作

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

Answer 4

我有 Mac OS Catalina，在我的情况下安装 Homebrew，最新的 gcc 和 Gfortran 8.2.0 解决了这个问题。

Answer 5

我在 MAC 上收到了同样的错误。我需要做的就是从https://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/ 安装gfortran-6.1.pkg。确保软件包安装在/usr/local/gfortran 下，以便 R 可以找到它。

您也可以通过 homebrew 在终端中输入 brew cask install gfortran 来安装它（它可能会询问您的密码）。

Answer 6

我正在开发 MacOS Mojave (10.14.5) 和 R 4.0.0。这里的问题是“CRAN R 4.0.0 和更高版本不再使用任何自定义编译器”（请参阅​​here），因此Makevars 解决方案似乎不再起作用。

我的解决方案是从official R-Project 网站下载并安装 GNU Fortran 编译器。请注意，您还需要 Xcode 和 Xcode 命令行工具。

使用默认设置运行安装程序后，gfortran 代码的编译工作没有问题。

Answer 7

在我的例子中，我将this answer 与this one 结合起来，在~./R/.Makevars 文件中生成以下代码。

touch ~./R/.Makevars

（因为那里不存在）

open -a BBEdit ~./R/.Makevars

（我使用BBEdit作为文本编辑器）

在Makevars-文件中添加了以下几行：

VER=-11
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
# FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11
# FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`

这两行是@KevinUshy建议的。

# FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11
# FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`

我将这些注释掉了，因为我认为最后一行可能效果最好。

两个音符。

我安装了brew，我使用brew 使用命令brew install gcc 安装gcc。

我使用brew info gcc 找出版本命名，它给了我11.1.0_1，但它链接为gcc-11，所以VER=-11 在.Makevars 文件中。

希望这对其他人有所帮助。

Answer 8

解决方案是使用 Homebrew 重新安装有问题的软件包。

$ brew uninstall --ignore-dependencies --force openssl
$ brew install openssl

$ brew uninstall --ignore-dependencies --force readline  
$ brew install readline

Answer 9

我在 Mac 上工作时遇到这个问题很长时间了。按照此页面上的其他答案和其他问题，我做了以下操作，它终于奏效了！

第 1 步 - brew install gcc（它为我安装了 gcc-11。如果以后对您有所不同，请将下面的 gcc-11 替换为相应的版本。您可以找到版本通过检查文件夹/usr/local/bin 并在那里查看最新的 gcc 版本文件）

第 2 步 - xcode-select --install（这会安装 Xcode CLI）

第 3 步 - ln -sf /usr/local/bin/gcc-11 /usr/local/bin/gcc（这会在 /usr/local/bin/ 下创建一个新的 gcc 符号链接。Source）

第 4 步 - 我没有 ~/.R/Makevars 文件。哎呀，我什至没有~./R 文件夹。制作文件夹和文件。这是我在 Makevars 文件中写的内容（请记住根据您拥有的版本在第一行和最后一行更改 GCC 版本。还记得不要在第一行的最后一行中包含完整的版本号。只是总体版本号 - 在我的情况下为 11） -

VER=-11
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.2.0_3/lib/gcc/11

现在重新启动，瞧！它有效。