在 R 中使用 pheatmap 定义特定值着色答案

【问题标题】：Define specific value colouring with pheatmap in R在 R 中使用 pheatmap 定义特定值着色
【发布时间】：2015-12-09 07:13:33
【问题描述】：

假设：

m1<-matrix(rnorm(1000),ncol=100)

和定义颜色：

cols = colorRampPalette(c("white", "red"))(30)

我正在生成一个没有使用 pheatmap 功能聚类的热图：

pheatmap(dist(t(m1)), cluster_rows = F, cluster_cols = F, show_rownames = TRUE, 
color = cols, main = 'Heatmap')

问题是，我如何定义颜色以获得相同的热图，但仅使用特定值着色的像素（例如小于 0.1）。

我试着设置

cols = ifelse(dist(t(m1))<0.1,'red','black')

但没用。

【问题讨论】：

标签： r matrix colors pheatmap

【解决方案1】：

对于简单的二元配色方案，您可以使用breaks 参数：

library(pheatmap)

set.seed(1)
m1<-matrix(c(rnorm(1000)), ncol=100)

pheatmap(dist(t(m1)),
         cluster_rows = F,
         cluster_cols = F,
         show_rownames = TRUE, 
         color = c("red", "black"),
         breaks = c(0, 3, 9),  # distances 0 to 3 are red, 3 to 9 black
         main = 'Heatmap')

看起来像这样：

如果你更喜欢颜色渐变，可以按如下方式进行：

m <- matrix(c(rnorm(1000)), ncol=100)
distmat <- dist(t(m))

# Returns a vector of 'num.colors.in.palette'+1 colors. The first 'cutoff.fraction'
# fraction of the palette interpolates between colors[1] and colors[2], the remainder
# between colors[3] and colors[4]. 'num.colors.in.palette' must be sufficiently large
# to get smooth color gradients.
makeColorRampPalette <- function(colors, cutoff.fraction, num.colors.in.palette)
{
  stopifnot(length(colors) == 4)
  ramp1 <- colorRampPalette(colors[1:2])(num.colors.in.palette * cutoff.fraction)
  ramp2 <- colorRampPalette(colors[3:4])(num.colors.in.palette * (1 - cutoff.fraction))
  return(c(ramp1, ramp2))
}

cutoff.distance <- 3  
cols <- makeColorRampPalette(c("white", "red",    # distances 0 to 3 colored from white to red
                               "green", "black"), # distances 3 to max(distmat) colored from green to black
                             cutoff.distance / max(distmat),
                             100)

pheatmap(distmat,
         cluster_rows = F,
         cluster_cols = F,
         show_rownames = TRUE, 
         color = cols,
         main = 'Heatmap')

然后看起来像这样：

【讨论】：

嗨@WhiteViking，我试过这个，它处理了半个多小时，直到我停止它。我正在使用 McBook 1,4 GHz Intel Core i5 中的 Rstudio。另外，黑底只有红点对我来说也不错。
@Kwnwps 我添加了一个使用二进制配色方案（黑底红点）的示例。
@Kwnwps 至于处理时间长：这个玩具示例会发生这种情况吗？或者仅适用于更大的数据集 - 如果是这样，它的大小是多少？
谢谢。我在 230 x 230 距离矩阵中进行了尝试。玩具示例没有任何问题。最适合我的情况是组合，即黑色直到阈值，然后逐渐从一种颜色变为另一种颜色。
将 border_color = NA 作为附加参数传递给 pheatmap。（见?pheatmap...）

【解决方案2】：

不是您要求的，但这里有一个可以帮助其他人的 ggplot 解决方案。

set.seed(1)         # for reproducible example
m1 <- matrix(rnorm(1000),ncol=100)
d  <- dist(t(m1))

library(ggplot2)
library(reshape2)   # for melt(...)
gg.df <- melt(as.matrix(d), varnames=c("row","col"))

# fill is red for value < 3; black for value >= 3
ggplot(gg.df, aes(x=factor(col), y=factor(row)))+ 
  geom_tile(aes(fill=ifelse(value<3, "below", "above")), color=NA)+
  scale_fill_manual("Threshold",values=c(below="#FF0000", above="#000000"))+
  coord_fixed()

# fill is black for value > 3; gradient white to red for value <= 3
ggplot(gg.df, aes(x=factor(col), y=factor(row)))+ 
  geom_tile(aes(fill=value), color=NA)+
  scale_fill_gradient(low="#FFFFFF", high="#FF0000", limits=c(0,3), na.value="black")+
  coord_fixed()

【讨论】：