确定根顶点和终端顶点之间的路径？答案

【问题标题】：determining paths between root and terminal vertices?确定根顶点和终端顶点之间的路径？
【发布时间】：2018-05-14 21:45:47
【问题描述】：

我已经获得了一些代码（感谢各位好心人），这些代码在代表北极浮冰融化和破裂的谱系的大图 (n=266) 中找到了我的根节点和终端节点：

vattrib_df$inst[is.na(vattrib_df$motherinst == TRUE)]

roots = which(sapply(sapply(V(g),
                    function(x) neighbors(g, x, mode = 'in')), length) == 0)

terminals = which(sapply(sapply(V(g),
                    function(x) neighbors(g, x, mode = 'out')), length) == 0)

当我在控制台中输入“根”和“终端”时，我分别得到了 6 个和 11 个观察的观察名称。

我现在要做的是计算每个组合之间的节点路径。例如，我可以用这些数据制作一个矩阵吗？我对 R 很陌生，所以我仍然很难有远见地知道如何用编码术语来解决这些问题。

谢谢。

【问题讨论】：

请提供可重现的示例和所需的输出。

标签： r graph terminal nodes igraph

【解决方案1】：

这是一个例子：

library(igraph)
set.seed(1)
g <- random.graph.game(10, .15, directed = TRUE)

roots = which(sapply(sapply(V(g),
  function(x) neighbors(g, x, mode = 'in')), length) == 0)
terminals = which(sapply(sapply(V(g),
  function(x) neighbors(g, x, mode = 'out')), length) == 0)
roots
# [1] 2 4
terminals
# [1] 1 5 8
(paths <- lapply(roots, all_simple_paths, graph=g, to=terminals))
# [[1]]
# [[1]][[1]]
# + 2/10 vertices, from 1951039:
#   [1] 2 5
# 
# [[1]][[2]]
# + 4/10 vertices, from 1951039:
#   [1] 2 6 3 8
# 
# [[1]][[3]]
# + 5/10 vertices, from 1951039:
#   [1]  2  6  3 10  8
# ......

查看?all_simple_paths，也许还可以查看?all_shortest_paths。

【讨论】：