将通用代码分解成一个单独的 R 文件，然后将该 R 文件源到您想要的每个 Rmd 文件中。
例如，假设我需要制作两份报告，即流感爆发和枪支与黄油分析。我自然会创建两个 Rmd 文档并完成它。
现在假设老板来了，想看看流感爆发与黄油价格的变化（控制 9 毫米弹药）。
- 复制并粘贴代码以分析报告到新报告中对于代码重用等来说是个坏主意。
- 我希望它看起来不错。
我的解决方案是将项目分解为这些文件：
- 流感.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
在每个 Rmd 文件中，我会有类似的内容：
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
这里的问题是我们失去了可重复性。我的解决方案是创建一个公共子文档以包含到每个 Rmd 文件中。因此，在我创建的每个 Rmd 文件的末尾，我添加以下内容：
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
当然还有 autodoc.Rmd：
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
### Source Code
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
注意，这是为 Rmd -> html 工作流程设计的。如果您使用乳胶或其他任何东西，这将是一个丑陋的混乱。此 Rmd 文档在全局环境中查找所有 source()'ed 文件，并在文档末尾包含它们的源代码。它包括 jquery ui、tablesorter，并将文档设置为使用手风琴样式来显示/隐藏源文件。这是一项正在进行中的工作，但您可以根据自己的用途随意调整。
我知道，不是单线。希望它至少能给你一些想法:)