使用 setuptools 创建调用外部 C 库的 cython 包

Question

我正在尝试编译、安装和运行一个我们称之为myPackage 的包。它包含一个*.pyx 文件，该文件从库fftw 中调用函数fftw_set_timelimit()。目前，当我运行导入包的脚本clientScript.py 时，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "clientScript.py", line 5, in <module>
    import myPackage.myModule
ImportError: /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/myPackage/myModule.so: undefined symbol: fftw_set_timelimit

据我了解（我对 python 和 cython 很陌生），与 C 库的链接尚未在我的包中执行。事实上，我的setup.py 文件看起来像这样：

from setuptools   import setup,find_packages
from Cython.Build import cythonize
import os

setup(
    name = "myPackage",
    version = "0.0.1",
    url = "none",
    author = "me",
    author_email = "me@me.me",
    packages=find_packages(),
    ext_modules = cythonize("pyClo/pyClo.pyx"),
)

如您所见，我的setup.py 文件使用setuptools。我决定这样做，因为它是由Python Packaging User Guide 推荐的。但是，Cython documentation 中的说明使用 distutils 代替。链接库是通过调用distutils.Extension('file',['file.pyx'],libraries='fftw') 完成的。如何使用setuptools 获得相同的结果？

Answer 1

原来setuptools 有一个模块setuptools.extension.Extension，它的使用方式与distutils.extension.Extension 模块相同。

最后，setup.py 文件看起来像：

from setuptools import setup, find_packages
from setuptools.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize

extensions = [
    Extension(
        "myPackage.myModule",
        ["myPackage/myModule.pyx"],
        include_dirs=['/some/path/to/include/'], # not needed for fftw unless it is installed in an unusual place
        libraries=['fftw3', 'fftw3f', 'fftw3l', 'fftw3_threads', 'fftw3f_threads', 'fftw3l_threads'],
        library_dirs=['/some/path/to/include/'], # not needed for fftw unless it is installed in an unusual place
    ),
]

setup(
    name = "myPackage",
    packages = find_packages(),
    ext_modules = cythonize(extensions)
)

这是我的安装目录的概述：

.
├── MANIFEST.in
├── myPackage
│   └── myModule.pyx
├── README.rst
└── setup.py

其中myModule.pyx 是调用fftw_set_timelimit() 的文件。

MANIFEST.in 包含：

include myPackage/*.*

而README.rst 只是一个纯文本文件。