在 Windows 上使用外部 C 库构建 Rcpp 包答案

【问题标题】：Building Rcpp package with external C library on Windows在 Windows 上使用外部 C 库构建 Rcpp 包
【发布时间】：2018-03-11 22:07:37
【问题描述】：

我正在构建一个包，它为来自SUNDIALS ODE 求解 C 库的 cvode 求解器提供了一个包装器。

到目前为止，我已经能够通过提供源 C 文件（从 RcppCAF 包中的 Makevars 获得灵感）并动态制作静态库并链接，在我的 OS X 机器上编译包反对。 Makevars 文件可以在下面的链接中找到

https://github.com/sn248/Rcppsbmod/blob/master/src/Makevars

之前我链接到系统上的静态库，但现在因为我在编译包时动态创建静态库 (libsundials_all.a)，我相信没有在他们的系统上安装 SUNDIALS 的用户（在至少OS X) 也应该能够使用这个包（我的想法是正确的吗？）。我已经检查过以这种方式编译的包是否能够集成测试 ODE。此外，当我运行 R CMD check（在 RStudio 上使用 Check 选项，使用 --as-cran 选项）时，我得到了成功，即

R CMD check results
0 errors | 0 warnings | 0 notes

但是，我希望 Windows 上的用户能够使用这个软件包，即使他们的机器上没有安装 SUNDIALS，我的问题是

可以这样做还是 Windows 用户需要安装 SUNDIALS？
目前我的Makevars.win 与Makevars 相同，所以当我在R WinBuilder 上提交我的包时，我收到以下消息（告诉我make 无法找到ar）。

make: ar: Command not found make: *** [../inst/libsundials_all.a] Error 127 Warning: running command 'make -f "Makevars.win" -f "D:/RCompile/recent/R-3.4.3/etc/i386/Makeconf" -f "D:/RCompile/recent/R-3.4.3/etc/i386/Makevars.site" -f "D:/RCompile/recent/R-3.4.3/share/make/winshlib.mk" SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXXLDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXXLD)' SHLIB="Rcppsbmod.dll" ' had status 2 ERROR: compilation failed for package 'Rcppsbmod' * removing 'd:/RCompile/CRANguest/R-release/lib/Rcppsbmod' In R CMD INSTALL

一些搜索显示RTools 可能没有ar,here，但我认为我不清楚在 Windows 上编译这个包应该做什么。我查看了一些Makevars.win 文件，但大多数都与Makevars 相似。我觉得我需要制作一个.dll（类似于libsundials_all.a，但我完全不知道该怎么做。

任何关于如何在 Windows 上编译此软件包的建议将不胜感激！

另外，出于好奇，我经常会找到这样的代码（例如，在 Makevars.in 的 rcppgsl 中）

GSL_LIBS   = @GSL_LIBS@

我不确定@GSL_LIBS@ 是什么意思，make 教程也没有这种语法。对此代码的任何解释都将非常有帮助。

谢谢！

【问题讨论】：

试试this post。这是一个 CRAN-Windows 约定。
谢谢德克。我会看看你提到的链接。
抱歉，使用 环境变量 GSL_LIBS 是 windows 的惯例。使用@GSL_LIBS 指定autoconf，即该值将由configure 脚本填充（在Linux、Unix、macOS 上...）。我也在几个地方解释过；你可以只关注 RcppGSL 包，或者更简单的，使用 RcppGSL 的其他包——例如我的小 RcppZiggurat。

标签： rcpp r-package

【解决方案1】：

是的，可以在安装包期间在 Windows 上构建静态库。我在实验中这样做windows branch of dqmagic：

PKG_CPPFLAGS = -I./libmagic -I./libgnurx -DHAVE_CONFIG_H
PKG_LIBS = -L. -lmagic -lregex -lshlwapi

all: $(SHLIB)
$(SHLIB): libmagic.a libregex.a

LIBMAGIC =libmagic/apprentice.o \ 
[... many object files ...]
libmagic.a: $(LIBMAGIC)

LIBREGEX = libgnurx/regex.o
libregex.a: $(LIBREGEX)

请注意，我没有告诉make如何构建静态库，而是将其留给自动规则。这样就没有ar 丢失的问题。请注意，Linux/Mac OSX 构建使用系统安装的库。

我认为 RcppGSL 在您的情况下不是一个很好的比较，因为它在所有平台上使用外部库。原因是这个包必须能够在包安装后编译和链接 GSL。在您的情况下，所有编译和链接都是在安装时完成的，对吗？

【讨论】：

RcppGSL 在所有操作系统上都使用 external 库。根据旧惯例，CRAN 在 Windows 上也有它，并通过 GSL_LIBS 指向它。
@DirkEddelbuettel RcppGSL 还需要一个外部库，否则只有包中定义的少数函数（如fastLm）可用，对吧？
这正是我写的六分钟。 RcppGSL 使用外部库在所有平台上 并且从不构建 GSL 本身。这类似于在 CRAN 上使用 GSL 的其他软件包。对于 Windows，它们都依赖于环境变量 GSL_LIBS。
感谢您的帮助！我修改了Makevars.win（github.com/sn248/Rcppsbmod/blob/master/src/Makevars.win）。我能够在 Windows 上编译包并在 Win Builder 上提交包给出了快乐的消息 - packaged installation of 'Rcppsbmod' as Rcppsbmod_0.1.0.zip * DONE (Rcppsbmod) In R CMD INSTALL。还有一些工作要做 - No examples, no tests, no vignettes * DONE Status: 1 WARNING, 1 NOTE，但那是改天的故事了。感谢 Ralf 和 Dirk 的投入。
关于 GSL_LIBS，我认为这个链接 - (cran.r-project.org/bin/windows/contrib/ThirdPartySoftware.html) 提供了 CRAN 上可用的库列表，可以指向。我对LIB_SBML 可用这一事实感到兴奋，但不确定它是否是使用最新版本的SBML 构建的。我们能否找出可用的底层 C 库版本（如果它是从旧版本构建的，请请求更新）？