R语言中C函数分配的内存会发生什么答案

【问题标题】：What happens to memory allocated by C functions in R languageR语言中C函数分配的内存会发生什么
【发布时间】：2012-11-25 13:35:47
【问题描述】：

在我的 R 包中，实现该函数的 C 代码分配了一些内存供使用。这段记忆会发生什么？它会在 R 的 GC 的雷达下还是内存泄漏？如果它在 R 的垃圾回收下，这块内存会被回收吗？

我在作为服务器运行的 R 的服务器进程中分配了 5 GB 的巨大数据。在这里，如果我可以像我们在 Java 中分配外部堆内存一样，从 GC 的雷达中分配这些内存，那将是一个好主意。所以基本上，我可以在我的 C 代码中分配大量内存而 R 不会干扰该内存吗？

我打算使用 malloc 或 calloc 来分配内存。

【问题讨论】：

答案将取决于您如何分配内存，这在您的问题中没有说明。
我将使用 C 中的 malloc 或 calloc 等常规方法来分配内存。
不，R 不会神奇地知道您使用任意 C 函数分配了哪些内存。 R 确实知道您使用 R 的 C 函数分配了哪些内存。

标签： r memory-management garbage-collection package

【解决方案1】：

这在“编写 R 扩展”中有相当清楚的描述——使用calloc() / malloc() 的 R 变体访问相同的内存池。这样 R 可以gc() 这些东西，以及为什么你需要PROTECT() 和UNPROTECT()。

6.1.2 用户控制的内存

内存分配的另一种形式是malloc的接口，即提供 R 错误处理的接口。此内存持续到被释放由用户提供，并且是为 R 分配的内存的附加内容工作区。

接口函数是
 TYPE* Calloc(size_t N, TYPE)
 TYPE* Realloc(ANY *P, size_t N, TYPE)
 void Free(ANY *P)
提供calloc、realloc 和free 的类似物。如果有一个分配期间的错误由 R 处理，所以如果这些例程返回内存已成功分配或释放。 Free 将指针 P 设置为NULL。（一些但不是所有版本的 S 所以。）

用户不再需要时应安排Free此内存，包括错误或用户中断。这通常可以做到方便地从调用 R 函数中的 on.exit 操作 - 请参阅以pwilcox 为例。

不要假设Calloc/Realloc分配的内存来了来自malloc 使用的同一个池：尤其不要使用 free 或 strdup。

如果这些入口点需要以R_为前缀 STRICT_R_HEADERS 已定义。

【讨论】：

由malloc（而不是Calloc和Realloc）分配的内存是否也由垃圾回收处理？我的假设是否定的，因此特定于 R 的版本是正确的，但我显然在这里有点摸不着头脑。
@AriB.Friedman：这些方法都没有被垃圾收集器处理；它们都是用户控制的，因此必须手动释放。
@dirk - 我希望我们不必在 Calloc/Ralloc 拥塞时使用 PROTECT/UNPROTECT !!!
@AriB.Friedman 不是，因此需要切换到Calloc()。它。全部。在。这。手动。
@VineethMohan：一旦你完成它，一切都会变得有意义，我们在这里向你重复手册是没有意义的。我们作为用户分配和“交回”给 R 的东西可能（最终）被 R 释放，这就是为什么，是的 Veronica，我们需要 Calloc() 或 PROTECT。或者只是切换到 C++ 并使用我们的 Rcpp 包，这一切 (!!) 自动发生 (!!)。

【解决方案2】：

来自钱伯斯的数据分析软件：

只要任何计算都可能动态分配 R 存储并且结果不是在 R 级别分配的，使用相应的 C 参考必须受到保护和保护取消保护宏。原因是否则存储将 R中发布的碰巧做了动态存储的垃圾回收在计算过程中。

【讨论】：

我在 C 代码中看到了 PROTECT 和 UNPROTECT 函数，我觉得它与 R 的内存管理有关。
阿里，那是错误的。您（即程序员）执行 malloc'ing，但您使用 R 提供的函数访问其内存池/分配。
@DirkEddelbuettel 你当然是对的。我刚刚找到了 SDA 的相关部分并回来更新我的答案。应该在一秒钟内完成。