我正在使用以下命令遍历目录中的所有文件：
for i in *.fas; do some_code; done;
但是，我按这个顺序得到它们
vvchr1.fas
vvchr10.fas
vvchr11.fas
vvchr2.fas
...
而不是
vvchr1.fas
vvchr2.fas
vvchr3.fas
...
什么是自然秩序。
我尝试过排序命令，但无济于事。
【问题讨论】：
标签： bash natural-sort
readarray -d '' entries < <(printf '%s\0' *.fas | sort -zV)
for entry in "${entries[@]}"; do
# do something with $entry
done
printf '%s\0' *.fas 产生一个 NUL 分隔的目录条目列表，扩展名为 .fas，sort -zV 按自然顺序对它们进行排序。
请注意，您需要安装 GNU sort 才能使其工作。
【讨论】：
使用选项sort -g它根据一般数值比较
for FILE in `ls ./raw/ | sort -g`; do echo "$FILE"; done
0.log 1.日志 2.日志 ... 10.日志 11.日志
这只有在文件名是数字的情况下才有效。如果它们是字符串，您将按字母顺序获取它们。例如：
for FILE in `ls ./raw/* | sort -g`; do echo "$FILE"; done
原始/0.log 原始/10.log 原始/11.log ... raw/2.log
【讨论】：
您将按 ASCII 顺序获取文件。这意味着vvchr10* 在vvchr2* 之前。我意识到你不能重命名你的文件（我的生物信息学家的大脑告诉我它们包含染色体数据，我们根本不把 1 号染色体称为“chr01”），所以这是另一个解决方案（不使用我找不到的 sort -V在我使用的任何操作系统上）：
ls *.fas | sed 's/^\([^0-9]*\)\([0-9]*\)/\1 \2/' | sort -k2,2n | tr -d ' ' |
while read filename; do
# do work with $filename
done
这有点复杂，不适用于包含空格的文件名。
另一种解决方案：假设我们想按大小顺序迭代文件，这可能更适合某些生物信息学任务：
du *.fas | sort -k2,2n |
while read filesize filename; do
# do work with $filename
done
要反转排序，只需在-k2,2n 之后添加r（得到-k2,2nr）。
【讨论】：
您的意思是在您的列表中编号为 10 的文件排在编号为 3 的文件之前？那是因为ls 对其结果的排序非常简单，所以something-10.whatever 比something-3.whatever小。
一种解决方案是重命名所有文件，使它们具有相同的位数（其中单个数字的文件以0 开头）。
【讨论】：
sort -n。这会按数字顺序对连续的数字块进行排序。虽然“10a”仍然在“1a”之前，但至少“1-a”在“10-a”之前。
while IFS= read -r file ; do
ls -l "$file" # or whatever
done < <(find . -name '*.fas' 2>/dev/null | sed -r -e 's/([0-9]+)/ \1/' | sort -k 2 -n | sed -e 's/ //;'
解决了这个问题，假设文件命名保持一致，不依赖于最新版本的 GNU sort，不依赖于读取 ls 的输出并且不会成为管道的受害者- to-while 问题。
【讨论】：
像@Kusalananda 的解决方案（也许更容易记住？）但适合所有文件（？）：
array=("$(ls |sed 's/[^0-9]*\([0-9]*\)\..*/\1 &/'| sort -n | sed 's/^[^ ]* //')")
for x in "${array[@]}";do echo "$x";done
本质上是添加排序键，排序，移除排序键。
编辑：将评论移至适当的解决方案
【讨论】：
ls -v 是“强制未经编辑打印非图形字符；这是不输出到终端时的默认设置。”。在 OpenBSD 上，它不存在。
ls -v。
使用 sort -rh 和 while 循环
du -sh * | sort -rh | grep -P "avi$" |awk '{print $2}' | while read f; do fp=`pwd`/$f; echo $fp; done;
【讨论】：