R中使用ape包的标签和颜色叶树状图（系统发育）答案

【问题标题】：Label and color leaf dendrogram (phylogeny) in R using ape packageR中使用ape包的标签和颜色叶树状图（系统发育）
【发布时间】：2013-09-22 05:35:26
【问题描述】：

在之前的帖子 (Label and color leaf dendrogram in r) 之后，我有一个后续问题。

我的问题与提到的帖子类似，但我想知道是否可以使用猿来完成（例如，plot(as.phylo(fit), type="fan", labelCol)，因为它具有更多类型的系统发育。

提到的帖子问题是：

如何在叶子标签中显示组码（而不是样本号）？
我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色（可能会发生它们不在同一个进化枝中，这样我可以找到更多信息）？

代码示例是：

sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25))

## make unique rownames (equal rownames are not allowed)
rownames(sample) <- make.unique(groupCodes)

colorCodes <- c(A="red", B="green", C="blue", D="yellow")


## perform clustering
distSamples <- dist(sample)
hc <- hclust(distSamples)

## function to set label color
labelCol <- function(x) {
  if (is.leaf(x)) {
    ## fetch label
    label <- attr(x, "label")
    code <- substr(label, 1, 1)
    ## use the following line to reset the label to one letter code
    # attr(x, "label") <- code
    attr(x, "nodePar") <- list(lab.col=colorCodes[code])
  }
  return(x)
}

## apply labelCol on all nodes of the dendrogram
d <- dendrapply(as.dendrogram(hc), labelCol)

plot(d)

【问题讨论】：

标签： r plot dendrogram phylogeny dendextend

【解决方案1】：

该问题的另一个解决方案是使用新的circlize_dendrogram 函数，它结合了两个包：circlize 和dendextend。您首先需要安装它们：

install.packages("circlize")
devtools::install_github('talgalili/dendextend')

这是要运行的代码：

# YOUR CODE
sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25))

## make unique rownames (equal rownames are not allowed)
rownames(sample) <- make.unique(groupCodes)

colorCodes <- c(A="red", B="green", C="blue", D="yellow")


## perform clustering
distSamples <- dist(sample)
hc <- hclust(distSamples)

#--------------
# NEW CODE

dend <- as.dendrogram(hc )
library(dendextend)
labels_colors(dend) <- colorCodes 
# plot(dend)
dend <- color_branches(dend, k=4)

# plot the radial plot
par(mar = rep(0,4))
# circlize_dendrogram(dend, dend_track_height = 0.8) 
circlize_dendrogram(dend)

这是结果图：

【讨论】：

【解决方案2】：

看看?"plot.phylo":

library("ape")
plot(as.phylo(hc), tip.color=colorCodes[substr(rownames(sample), 1, 1)], type="fan")

【讨论】：