Matlab中如何画网络？答案

【问题标题】：How to draw networks in Matlab?Matlab中如何画网络？
【发布时间】：2014-07-11 08:15:16
【问题描述】：

我在 Matlab 中有一个矩阵 A，维度为 mx2，每行包含两个节点的标签，显示网络中的直接链接，例如：

如果网络有4 节点，则矩阵A 可能是A=[1 2; 1 3; 2 1; 2 4; 3 2; 4 1; 4 2]，其中第一行表示存在从1 到2 的链接，第二行表示存在链接从1到3等

您能建议我一种从 A 绘制网络的快速方法吗？

【问题讨论】：

您可以访问生物信息学工具箱吗？
是的，我可以访问它
在 Matlab 2015b 中引入了函数graph。
similar question with a good answer

标签： matlab graph plot graph-theory graph-visualization

【解决方案1】：

MatLab > R2015b 现在有Graph and Network Algorithms。

A 就是你所说的边缘列表。

plot(digraph(A(:,1),A(:,2))

将绘制网络。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可能还对 Matgraph，用于图形操作的 Matlab 工具箱感兴趣：

http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/19218-matgraph

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您希望链接是定向的，并且拥有生物信息学工具箱，您可以创建一个biograph 对象。如果您愿意，这也允许使用标识字符串标记节点，请参阅帮助文件。如果不是，它们将被称为“节点 1”、“节点 2”等。您需要将链接列表转换为邻接矩阵 - @RTL 提供了 accumarray 版本，您也可以使用 sub2ind:

N = 4;
adj = zeros(N);
adj(sub2ind([N,N], A(:,1),A(:,2))) = 1;

bg = biograph(adj);  % make biograph object
dolayout(bg);   % automatically calculate positions for nodes
view(bg); % what it says on the tin

【讨论】：

【解决方案4】：

使用内置gplot 函数的替代解决方案

adj=accumarray(A,1)
n=size(adj,1); % number of nodes
coord=[cos((1:n).'*(2*pi/n)),sin((1:n).'*(2*pi/n))] % points on a circle for nodes
gplot(adj,coord)

对于大型网络，邻接矩阵可以用accumarray(A,1,[],[],0,true) 生成为稀疏矩阵

【讨论】：

【解决方案5】：

n = max(A(:)); %// number of nodes
theta = linspace(0,2*pi,n+1); %// the nodes will be on a circle
theta = theta(1:end-1);
x = cos(theta); %// x coordinates of nodes
y = sin(theta); %// y coordinates of nodes
plot(x, y, 'ro') %// plot nodes
hold on
plot(x(A).', y(A).', 'b-') %// plot edges
axis image
axis(1.2*[-1 1 -1 1])
set(gca,'xtick',[],'ytick',[])

【讨论】：

可以加链接的方向吗？
您可以使用annotation 代替plot。问题是annotation使用了归一化轴单位，比较麻烦