在ggplot2中覆盖两个具有不同色标的散点图

Question

我正在尝试在 ggplot2 中叠加两个散点图。目标是使点的外部根据一个变量（6个类别，因子）着色，内部填充另一个连续变量（数字）的渐变色。

我写了两段代码，每段都独立运行（请看下面的截图）。

    ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
              theme_classic() +
              geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95, stroke=1, alpha=5/6) +
              scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00")) 

ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
          theme_classic() +  
          geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
          scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

当我尝试以这种方式覆盖它们时：

    p <- ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  theme_classic() +
  geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
  scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

    p + geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95,         stroke=1, alpha=5/6) +
    scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00")) 

我收到错误消息：

“'color' 的比例已经存在。为 'color' 添加另一个比例，它 将取代现有的规模。 错误：提供给离散刻度的连续值”。

我花了几个小时试图弄清楚为什么它不起作用。我将非常感谢您的帮助！

谢谢， 乔治

Answer 1

一般而言，您只能映射一次美学。这是一种解决方法，它使用fill 美学作为连续变量的替代方法，使用shape = 21。但是，我更愿意完全映射到不同的审美，例如 shape，就像在第二个版本中一样。

library(tidyverse)
ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) +
  theme_classic() +
  geom_point(
    mapping = aes(colour = Species),
    shape = 1,
    size = 3,
    stroke = 2,
    alpha = 5 / 6
    ) +
  geom_point(
    mapping = aes(fill = Sepal.Length, colour = NA),
    size = 2.88,
    alpha = 5 /6,
    shape = 21
  ) +
  scale_fill_gradient(low = "blue", high = "yellow")

library(viridis)
#> Loading required package: viridisLite
ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) +
  theme_classic() +
  geom_point(
    mapping = aes(colour = Sepal.Length, shape = Species),
    size = 3,
    alpha = 5 / 6
  ) +
  scale_colour_viridis()

由reprex package (v0.2.0) 于 2018 年 4 月 19 日创建。