热图 R：如何删除虚线答案

【问题标题】：Heatmap R: how to remove dashed lines热图 R：如何删除虚线
【发布时间】：2014-10-04 21:15:14
【问题描述】：

我是热图新手。我的数据看起来像：

Dat       A        B        C        D        E
A    100       30.3      0       55.71    45.78
B     12.85   100       72.85    12.64    98.51
C      0       27.85   100       82.28     3.07
D     23.71    30.64    40.28   100        6.33
E     25.25    85       52.36    36.33   100

R 代码：

pdf("hh.pdf")
library(gplots)
data = read.table("file.txt", header=T, row.names=1)
heatmap.2(as.matrix(data))
dev.off()

当我使用上述数据绘制热图时，可以使用这些网格线。但是当我将行数设为 100 或在该范围内时，情节几乎不可见。情节被虚线垂直线覆盖。
我想摆脱那些烦人的线条。我以.png 格式保存，但我再次得到相同的行。

我已经检查了heatmap.2 (gplots package) - how to remove annoying lines in some cells?

使用R 3.0.2

【问题讨论】：

@bluefeet ：嗯，我同意这是一个蹩脚的问题，但引用的问题和答案不是重复的。
哇！那是出乎意料的行为。显然，我有权通过一票重新提出问题。
@BondedDust 用户发布了一个答案below，其中包含指向另一个 SO 问题的链接，说明“知道了”。这表明这是重复的，这就是我关闭它的原因。
对，但没有提到trace 或tracecol 的答案是控制“作为问题核心的网格线的参数。其他答案涉及调色板。

标签： r heatmap

【解决方案1】：

我还建议使用包“pheatmap”，如下所示：

pheatmap(as.matrix(data)).

它比 ggplots heatmap.2 强大得多。

【讨论】：

在热图上苦苦挣扎。2 我现在已经转向热图。感谢您的建议。

【解决方案2】：

知道了：

pdf("test.pdf")
data = read.table("srg.txt", header=T, row.names=1) 
heatmap.2(as.matrix(data), dendrogram=c("row"),density.info="none", trace="none",symm=T)
dev.off()

How to change heatmap.2 color range in R?

【讨论】：

【解决方案3】：

 pdf("hh.pdf")
 library(gplots)
 data = read.table(text="Dat       A        B        C        D        E
 A    100       30.3      0       55.71    45.78
 B     12.85   100       72.85    12.64    98.51
 C      0       27.85   100       82.28     3.07
 D     23.71    30.64    40.28   100        6.33
 E     25.25    85       52.36    36.33   100", header=T, row.names=1)

 heatmap.2(as.matrix(data), tracecol=NA)

【讨论】：