如何使用 R 中的 spatstat 将物种绘制为点模式 (ppp) 中的不同颜色？

Question

设置如下：森林中 20 x 20 m 的样方内有 10 棵树。对于每棵树，我们使用 x,y 坐标知道物种、直径（以 cm 为单位）和样方内的位置。

我想在样方内绘制树木，其中点的大小是按比例绘制的，每个物种用不同的颜色圆圈表示。

使用此数据作为示例：

tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))

species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")

diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)

x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)

y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)

df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)

首先我创建点模式

species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))

然后我标记种类和直径

marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

现在我可以绘制点模式，并且每个点都可以根据直径上的标记进行缩放。 “markscale”位设置为 0.01，因为直径测量单位为厘米，样方大小以米为单位。

plot(species_map, which.marks=2, markscale=.01)

现在我想让不同物种的圆圈颜色不同，但这就是我卡住的地方。

如果我尝试制作一个包含我的两个标记的图，我只会得到 2 个单独的图，其中一个使用不同大小的点来表示直径（正确），另一个使用不同的字符来表示不同的物种。

plot(species_map, which.marks= c(1,2), markscale=.01)

如何在绘制点按比例绘制点的同时，使用同一字符的不同颜色来表示不同的物种？

我怎样才能让它产生 1 个单图？

提前谢谢你。

杰

Answer 1

奇怪的是，我想不出一种真正优雅的方式来做到这一点。我的 最好的办法是按物种将数据分成不同的点模式 并循环遍历物种和情节。你够了吗？

library(spatstat)
tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)
x <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)
y <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)
df <- data.frame(tag, species, diameter, x, y)
species_map <- ppp(df$x, df$y, c(0,20), c(0,20))
marks(species_map) <- data.frame(m1 = df$species, m2=(df$diameter))

您需要选择四种颜色并固定相同的直径范围 每个情节和循环（argumet bg 被传递给 symbols 和 用这种颜色填充圆圈的背景）：

diamrange <- range(diameter)
cols <- c("black", "red", "green", "blue")
species_map_split <- split(species_map, reduce = TRUE)
plot(species_map_split[[1]], markrange = diamrange, markscale=.01,
     main = "", cols = cols[1], bg = cols[1])
#> Warning: Interpretation of arguments maxsize and markscale has changed (in
#> spatstat version 1.37-0 and later). Size of a circle is now measured by its
#> diameter.
for(i in 2:4){
  plot(species_map_split[[i]], markrange = diamrange, markscale=.01,
       add = TRUE, col = cols[i], bg = cols[i])
}

Answer 2

spatstat 中尚未实现多列标记的符号映射。所以你需要像 Ege 建议的那样做。

Answer 3

species  <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
diameter <- c(50,20,55,30,30,45,15,20,35,45)
x        <- c(9,4,5,14,8,19,9,12,10,2)
y        <- c(6,7,15,16,12,4,19,2,14,9)
library(spatstat)
Dat <- data.frame(x,y,species, diameter)
X   <- as.ppp(Dat,W=square(20))
marks(X)$species <- factor(marks(X)$species)
ccc <- c("red","green","blue","black")[as.numeric(marks(X)$species)]
plot(X,which.marks="diameter",maxsize=1,main="Elegant?")
plot(X,which.marks="diameter",maxsize=1,bg=ccc,add=TRUE)

#感谢@RolfTurner！