R 维恩图包尊敬的不可用 - 替代包？答案

【问题标题】：R Venn Diagram package Venerable unavailable - alternative package?R 维恩图包尊敬的不可用 - 替代包？
【发布时间】：2011-08-25 22:30:40
【问题描述】：

我需要用至少 5 个变量绘制面积比例维恩图。

我尝试安装 Vennerable 包，但它不再可用。 Link to windows build doesn't work (page not found).

是否有替代包？

【问题讨论】：

也许您应该加上一些大写字母和感叹号，让我们都更愿意帮助您？我想知道为什么你之前的问题得到了一些负面的回应。
@user670186 万一你不知道：使用大写字母和感叹号被认为和喊叫一样，非常不礼貌。没有必要在这个论坛上大喊大叫。如果您发布了明确的问题，并且有人知道答案，我们会尽力提供帮助。
R install Vennerable package on windows的可能重复
@Joris 不重复。上一个问题是关于安装 Vennerable，这个问题是关于它的替代方案。
old question about Venn diagrams in R有一些解决方案。

标签： r area venn-diagram

【解决方案1】：

源文件最后一次更新是在 2007 年，可从 Sourceforge 以 tar.gz 文件的形式下载：

http://sourceforge.net/projects/vennerable/files/R%20Source%20package/1.1.1.1/Vennerable_1.1.1.1.tar.gz/download

~~更好的是，~~ 似乎更新更多（编辑： 和损坏）的源文件，最后一次更新是在 2009 年，可以使用 SVN 从 R-Forge 签出：

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable

你能用 Rtools 自己构建它吗？ Linux x86_64 构建日志表明小插图存在问题，导致构建失败，并且源 tar.gz 和二进制文件不可用。也许在没有小插图的情况下自己构建它会起作用。该软件包最近一次更新是在 19 个月前，因此目前似乎没有维护。

编辑

R-Forge 的最新版本似乎打破了这个包。 compute.Venn() 函数有问题，许多测试失败。我从 Sourceforge 为 x86_64 架构构建了 Venerable_1.1.1.1 修订版。下载地址：

http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip

我还没有实际测试过这个包，但它成功安装并加载到 Windows 7 上的 R 2.13.0 x86_64 中。如果您有其他问题，可以给包的作者 Jonathan Swinton 发送电子邮件，您会收到他的电子邮件在 zip 存档中的 DESCRIPTION 文件中找到。

请注意很少正确使用全部大写来引用DESCRIPTION 文件，该文件之所以如此命名可能是出于历史原因（尽管如果有人有明确的解释，我会很感兴趣）。除非您特别打算提高 SO 社区的收缩压，否则所有大写字母的大多数其他用途通常都不受欢迎。

【讨论】：

【解决方案2】：

按照这个：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")       
biocLite("graph")       
biocLite("RBGL")       
biocLite("RColorBrewer")       
biocLite("gtools")       
biocLite("reshape" 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

【讨论】：

【解决方案3】：

查看CRAN（R 包的位置）发现至少有两个有前途的包：VennDiagram 和 venneuler。

【讨论】：

VennDiagramm：只做最多 3 个变量的圆形和区域代表性图表。我有 6 个。 veneuler 可以做 3 个以上，但它的 verz 不准确（我测试过）。我需要一个可以显示正方形或其他形状以便正确表示的包。我发现唯一可以做到这一点的包是 Vennerable。但是链接是DOWN的。有人有 Windows Vennerable_2.0 二进制文件吗？

【解决方案4】：

Vennerable 3.0 可用。它可以从 R 中下载，例如
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

【讨论】：

我认为如果你能添加信息如何获取依赖包RBGL和graph会很好。
上述评论建议提供有关获取依赖包的其他信息，但该解决方案对我来说非常顺利。确实，我可能已经从 bioconductor 安装了依赖项，但这应该很容易按照bioconductor install page 上的说明进行操作。无论如何，谢谢@Jonathan Swinton

【解决方案5】：

彻底检查导致此bioinformatics engine，其性能比目前可用的维恩图 R 包更高。它由来自根特大学的比利时作者 Lieven Sterck (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be) 用 Perl 编写。

webtool 不仅生成请求的图表作为输出（假设输入包含 5 组或更少，已经超过了大多数可用于维恩图的 R 包的功能），而且还生成一个文本文件列表每个交集组中包含的元素以进行详细检查。列表虽然不是几何图，但即使超过 5 组的比较也可以生成。此外，此网络工具还以表格方式输出每个数据集的元素总数，以确认唯一条目。

唯一缺少的功能：与 Vennerable R 包中的“Chow-Ruskey”等效的加权选项，但是似乎存在一些问题（除了上面提到的易碎安装），在最后一个组列表中添加了一个额外的元素在数据框中提供重叠。 Vennerable（和其他同类软件包）只生成一个带有组标签的图形，并对每个交叉点包含的元素进行编号，而不是列出它们。维恩图和相交数据虽然原则上很简单，但对于说明“多组学”生物数据的覆盖范围非常有用，但只是提供一个示例。

【讨论】：